New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1119593 = | 164 (0.860) | 19 (0.120) | 9/136 | NT | 11.8% | intergenic (+12/+297) | typA/USA300HOU_RS05545 | GTP‑binding protein TypA/BipA/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1119635 = | 144 (0.890) | intergenic (+54/+255) | typA/USA300HOU_RS05545 | GTP‑binding protein TypA/BipA/hypothetical protein |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
AAGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACATTTTCAAATTTCTAACTTGTTTATTCAGATATTAA > USA300TCH1516_ALE/1119546‑1119724 | aaGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTgg < 2:2931412/91‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTgg < 1:3681356/91‑1 (MQ=255) gCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCa > 1:3345593/1‑91 (MQ=255) gCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCa > 2:267222/1‑91 (MQ=255) gCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCa < 1:270497/91‑1 (MQ=255) gCGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCa > 1:2369398/1‑91 (MQ=255) cGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCat < 2:1793446/91‑1 (MQ=255) cGTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCat < 1:3389029/91‑1 (MQ=255) gTATCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCata < 2:1958132/91‑1 (MQ=255) aTCAAACAACTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCAtata < 2:3804353/91‑1 (MQ=255) aTCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCAtata > 2:1011857/1‑91 (MQ=255) aTCAAACAAATGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCAtata > 2:1463470/1‑91 (MQ=255) caaacaaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATataat > 1:143754/1‑91 (MQ=255) caaacaaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATataat > 2:2545138/1‑91 (MQ=255) 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aaaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTg > 2:161920/1‑91 (MQ=255) aaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGa < 2:1434464/91‑1 (MQ=255) aaTGATGCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGa < 1:3214999/91‑1 (MQ=255) atgatgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaa > 1:1917466/1‑91 (MQ=255) atttaaacactttttcaaatattatatgccaaaagagaagctaagcaactttcatcgctcagcttctcttttGGCATATAATATTTGaaaa > 1:463771‑M2/73‑91 (MQ=255) atgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGaaaaa > 1:1151567/1‑91 (MQ=255) tgCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAg > 2:2845308/1‑91 (MQ=255) gCAAGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAgt < 2:3281977/91‑1 (MQ=255) aaGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAgtgt > 2:3175962/1‑91 (MQ=255) aGAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGATTAAATTTTGGCATAAAAAAAAAAAAAAAGTGtt < 2:2893516/91‑1 (MQ=255) gAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGttt < 2:1656080/91‑1 (MQ=255) gAAAACGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGttt < 2:644268/91‑1 (MQ=255) aaCGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTaaa < 1:1479955/91‑1 (MQ=255) cGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATg > 2:3336176/1‑91 (MQ=255) cGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATg < 2:2101451/91‑1 (MQ=255) cGAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATg > 1:3110293/1‑91 (MQ=255) gAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGc < 1:430695/91‑1 (MQ=255) gAATAATTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGc > 2:2060030/1‑91 (MQ=255) aataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCt > 2:3024995/1‑91 (MQ=255) ataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCta < 1:161920/91‑1 (MQ=255) ataatTTAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAAAAAAAAAAAAAGTGTTTAAATGCta < 2:259121/91‑1 (MQ=255) tttAACATAATAAAAGAGAAGCTGAGAGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCtattat < 2:1130675/91‑1 (MQ=255) aaCATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTCAATGCTATTATTTc > 2:2330467/1‑91 (MQ=255) aaCATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTc > 1:701897/1‑91 (MQ=255) aCATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTcc < 2:3727601/91‑1 (MQ=255) cATAATAAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCt < 1:1196180/91‑1 (MQ=255) taataaAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGt < 1:1350352/91‑1 (MQ=255) aataaAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGtt > 2:3670741/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACt > 2:706634‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACt < 1:611321‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACtt > 1:3035158‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACttt > 1:792949‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTc < 1:900977‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTcac > 1:3839255‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTcac < 1:2558215‑M1/91‑1 (MQ=255) GAAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATACTATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTcaca < 2:796595‑M1/91‑1 (MQ=255) aagctaagcaactttcatcgctcagcttctcttttGGCATATAATATTTGAAACAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACAt > 1:3300757‑M2/36‑91 (MQ=255) aagctaagcaactttcatcgctcagcttctcttttGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACAt > 1:3295155‑M2/36‑91 (MQ=255) AAGCTGAGCGATGAAAGTTGCTTAGCTTCTCTTTTGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACAt < 1:1698419‑M1/91‑1 (MQ=255) agctaagcaactttcatcgctcagcttctcttttGGCATATAATATTTGAAAAAGTGTTTAAATGCTATTATTTCCTGTTACTTTCACAtt > 1:279494‑M2/35‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |