New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1164949 | 200 (1.050) | 15 (0.090) | 10/148 | NT | 6.9% | intergenic (+13/+356) | fib_1/flr_1 | Fibrinogen‑binding protein/FPRL1 inhibitory protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1164961 | 219 (1.240) | intergenic (+25/+344) | fib_1/flr_1 | Fibrinogen‑binding protein/FPRL1 inhibitory protein |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
AGTTATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGATAAATAATATAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1164871‑1165051 | aGTTATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAgtg < 1:895267/91‑1 (MQ=255) gTTATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGt > 1:2941753‑M2/1‑90 (MQ=255) gTTATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGt < 2:3764841‑M2/91‑2 (MQ=255) ttATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtg > 2:3102953‑M2/1‑89 (MQ=255) tATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtgg < 2:3251869‑M2/91‑4 (MQ=255) tATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtgg < 1:2177958‑M2/91‑4 (MQ=255) aTGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtggc < 2:1772264‑M2/91‑5 (MQ=255) tGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtggct < 2:476328‑M2/91‑6 (MQ=255) gaaaagaaaaAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtggctt < 1:420716‑M2/91‑7 (MQ=255) gaaaagaaaaAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGtggctt > 1:3397063‑M2/1‑85 (MQ=255) aaaagaaaaAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCttt < 2:3399440/91‑1 (MQ=255) aagaaaaAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCttttt > 1:1776230/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCt < 1:366487/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCta < 2:2613276/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCta > 1:2320581/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCta < 2:1167734/91‑1 (MQ=255) aaaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCtat < 2:2885592/91‑1 (MQ=255) aaaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCtat < 1:2456550/91‑1 (MQ=255) aaaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCtata > 2:1592421/1‑91 (MQ=255) aaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTatat > 1:1478245/1‑91 (MQ=255) aaTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGGGTGGCTTTTTGCTatat > 1:1001570/1‑91 (MQ=255) aTTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGTTATATc > 2:703957/1‑91 (MQ=255) aCAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCaa > 1:3714872/1‑91 (MQ=255) aCAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCaa < 1:3334350/91‑1 (MQ=255) aCAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCaa > 1:2289454/1‑91 (MQ=255) aCAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCaa > 2:1251284/1‑91 (MQ=255) cAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCaaa > 1:604973/1‑91 (MQ=255) cAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCaaa > 1:1308894/1‑91 (MQ=255) gACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGta < 2:2474855/91‑1 (MQ=255) gACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGta < 2:1108973/91‑1 (MQ=255) aCAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAATGGtat > 2:621128/1‑91 (MQ=255) cAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGtata > 1:3674949/1‑91 (MQ=255) aaaTCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATaa < 2:3019789/91‑1 (MQ=255) aaaTCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATaa < 1:2058027/91‑1 (MQ=255) tCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAatta > 1:3255258/1‑91 (MQ=255) tCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAatta < 2:3809293/91‑1 (MQ=255) tCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAatta < 2:1473330/91‑1 (MQ=255) aTCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTAttt < 2:1525720/91‑1 (MQ=255) aTCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAACCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTAttt < 2:3409219/91‑1 (MQ=255) tCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTAtttt < 1:793556/91‑1 (MQ=255) cTAGTTTTTAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTGTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTta < 2:3378416/91‑1 (MQ=255) aGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTtata < 1:2861485/91‑1 (MQ=255) aGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCCATATCCAAAGGTATAATTATTTtata < 2:2195279/91‑1 (MQ=255) gTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTataa > 1:682638/1‑91 (MQ=255) tttAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTATataata > 1:1951241/1‑91 (MQ=255) ttAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAatat > 2:1368258/1‑91 (MQ=255) tAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATAtt < 1:323669/91‑1 (MQ=255) aaaaTATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATtg < 2:1043035/91‑1 (MQ=255) tataATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTAGTTTATAATATTGTGtt > 2:2975928/1‑91 (MQ=255) ataataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGttt < 1:1597166/91‑1 (MQ=255) ataataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGttt < 1:3572897/91‑1 (MQ=255) ataataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGttt < 1:3856913/91‑1 (MQ=255) ataataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGttt < 2:1911695/91‑1 (MQ=255) ataataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGttt > 1:3137305/1‑91 (MQ=255) taataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTa > 1:1076357/1‑91 (MQ=255) aataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTAt < 2:2637992/91‑1 (MQ=255) aataCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTAt < 1:3880351/91‑1 (MQ=255) taCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTAttt > 2:332925/1‑91 (MQ=255) taCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATATTATAATATTGAGTTTAttt > 2:650833/1‑91 (MQ=255) aCTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTg < 2:2151942/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGa < 1:470196/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGa > 2:548030/1‑91 (MQ=255) 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tGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTa > 1:3205364/1‑91 (MQ=255) tAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTg > 1:2020454/1‑91 (MQ=255) tAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTg > 1:3050536/1‑91 (MQ=255) aGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTTTATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTgg > 2:1599860/1‑91 (MQ=255) aGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTgg > 1:1418110/1‑91 (MQ=255) gAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTggg < 2:2927895/91‑1 (MQ=255) aaGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGa < 2:2030659/91‑1 (MQ=255) aGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGat > 1:2804235/1‑91 (MQ=255) 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taGAGTGtggcttctatcaattattttaaagtattatattttaaaactagatcgatttgtctttgtaattttttcttttcataactgtgtt < 2:2316907‑M2/91‑85 (MQ=255) agagTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGataaataatataa < 1:306177/91‑1 (MQ=255) agagTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGataaataatataa > 1:2952844/1‑91 (MQ=255) gtgtggcttctatcaattattttaaagtattatattttgaaactagatcga > 1:2995803‑M2/1‑3 (MQ=255) tgtggcttctatcaattattttaaagtattatattttaaaactagatcgatttgtctttgtaattttttcttttcataactgtgttggaaa < 1:908237‑M2/91‑90 (MQ=255) tgtgGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGataaataatataaataa < 2:2802099/91‑1 (MQ=255) | AGTTATGAAAAGAAAAAATTACAAAGACAAATCGATCTAGTTTTAAAATATAATACTTTAAAATAATTGATAGAAGCCATGCTATAGAGTGTGGCTTTTTGCTATATCCAAAGGTATAATTATTTTATAATATTGTGTTTATTTGAATGGTGAGCTTATTGGGATAAATAATATAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1164871‑1165051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |