| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1168159 | 177 (0.930) | 38 (0.230) | 24/140 | NT | 18.2% | intergenic (+15/+638) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1168177 | 186 (1.120) | intergenic (+33/+620) | scn_2/USA300HOU_RS05810 | Staphylococcal complement inhibitor/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TGCTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTATATCAAAATGCTTATGTATAATGAATGACATTTAAAAGTAGGGGAGACAAATATA > USA300TCH1516_ALE/1168087‑1168267 | gCTAAAGTAGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAAAAAGAAAAAAAAAATGGTCTTa > 2:3119969‑M2/1‑90 (MQ=255) cTAAAGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaa < 1:2192102‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacc < 1:2934758‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacc < 2:2875764‑M2/91‑5 (MQ=255) aaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacct > 2:2595256‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacct < 1:2277302‑M2/91‑6 (MQ=255) aaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAAACAAAAAATGGTCTTaacct > 2:1800934‑M2/1‑86 (MQ=255) aaGTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTAAGACAAAAAATGGTCTTaacct > 2:3248257‑M2/1‑86 (MQ=255) gTTGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacctgt > 2:3099755‑M2/1‑84 (MQ=255) ttGCATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTaacctgtt > 1:2454001‑M2/1‑83 (MQ=255) cATTAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTc < 1:2293292/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGCTCTTAACCTGTTTTCAAt > 2:3035492/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAAATAGAAAAAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAAt < 2:2453901/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAATATACAAAGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAAtt > 1:2820971/1‑91 (MQ=255) 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aGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATaaa < 1:2989913/91‑1 (MQ=255) aGAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATaaa < 1:881262/91‑1 (MQ=255) gAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAAt < 2:2079262/91‑1 (MQ=255) gAAATTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAAt < 2:22592/91‑1 (MQ=255) aaaTTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAAtt < 1:920864/91‑1 (MQ=255) aTTGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCt < 1:2082440/91‑1 (MQ=255) ttGATGAAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCta < 2:2934374/91‑1 (MQ=255) tgatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtat < 1:1984990/91‑1 (MQ=255) gatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtata > 2:2637477/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtata > 2:1421255/1‑91 (MQ=255) gatgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCtata > 1:2327211/1‑91 (MQ=255) atgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTatat < 2:193585/91‑1 (MQ=255) atgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTatat < 2:2052403/91‑1 (MQ=255) tgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTATATc < 1:3222532/91‑1 (MQ=255) tgaAATTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAAACTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTATATc > 2:1613522/1‑91 (MQ=255) aaaTTATAAATAGATAATAAATAAAACAGGTTGAGACAAAAAATGGTCTTAACCTGTTTTCAATTTGCATATGTGATAAATTCTATATCaa > 2:2674269/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |