New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1361481 | 142 (0.750) | 22 (0.130) | 12/140 | NT | 12.8% | intergenic (+20/+273) | USA300HOU_RS06765/USA300TCH1516_01271 | Putative phosphatase/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1361509 | 176 (1.060) | intergenic (+48/+245) | USA300HOU_RS06765/USA300TCH1516_01271 | Putative phosphatase/hypothetical protein |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
TAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATGGAGGATTTGAAATACATATTTTAGATTAGTAATGATATCAAACG > USA300TCH1516_ALE/1361419‑1361598 | aaTGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGg < 1:718702‑M2/91‑2 (MQ=255) aTGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgt > 1:853756‑M2/1‑89 (MQ=255) gAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgtta < 1:1597616‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaTGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaag < 2:3408155‑M2/91‑7 (MQ=255) tGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggct < 1:1270735‑M2/91‑10 (MQ=255) tGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggct < 2:2586197‑M2/91‑10 (MQ=255) tGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggct < 2:2330992‑M2/91‑10 (MQ=255) ggTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggctt > 2:829158‑M2/1‑81 (MQ=255) tATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCtttt < 1:3503288/91‑1 (MQ=255) aTTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCttttt < 2:3302175/91‑1 (MQ=255) aTTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGACATCTTGTGGTTAAGGCttttt > 2:16117/1‑91 (MQ=255) ttCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTa < 2:3085402/91‑1 (MQ=255) ttCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTa > 1:165492/1‑91 (MQ=255) ttCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTa > 2:676021/1‑91 (MQ=255) 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aTTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTc < 2:2125329/91‑1 (MQ=255) ttGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCa > 1:3823167/1‑91 (MQ=255) tGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAg < 2:3519439/91‑1 (MQ=255) gTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGt < 2:910964/91‑1 (MQ=255) gTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGt > 2:1944982/1‑91 (MQ=255) gTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGt < 2:2793815/91‑1 (MQ=255) ttATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGtt < 1:560146/91‑1 (MQ=255) tataAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTta > 1:3839627/1‑91 (MQ=255) ataAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggcttattttacaatttataacaattttttgagc < 2:3124612‑M2/91‑40 (MQ=255) ataAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTtat > 2:2183825/1‑91 (MQ=255) ataAATTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTtat < 2:718702/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACt < 2:1464945/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTa < 1:2133517/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTa < 1:2586197/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATAACTTCAGTTATACTAt > 2:2227275/1‑91 (MQ=255) tttAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATg < 1:1866874/91‑1 (MQ=255) ttAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggcttattttaaaatttataacaattttttgagcgcatgtg < 1:1055136‑M2/91‑47 (MQ=255) ttAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggcttattttaaaatttataacaattttttgagcgcatgtg < 1:3664127‑M2/91‑47 (MQ=255) ttAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGgttaaggcttattttaaaatttataacaattttttgagcgaatgtg < 2:3578240‑M2/91‑47 (MQ=255) ttAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATgg > 1:1354717/1‑91 (MQ=255) tAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGt > 2:1493114/1‑80 (MQ=255) tAAAATAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGt < 1:1493114/80‑1 (MQ=255) aaaaTAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACTTCAGTTATACTATggag < 1:3773889/91‑1 (MQ=255) aaaaTAAGCCTTAACACATGATATTTGAATAAGATATCTTGTGGTTAAGGCTTTTTATTTTTGTGAAAATGACCTCAGTTATACTATggag < 1:3187561/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |