| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1775193 | 151 (0.790) | 13 (0.080) | 8/142 | NT | 9.0% | intergenic (‑86/+68) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1775229 | 129 (0.760) | intergenic (‑122/+32) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1775139‑1775319 | aataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt > 2:261797‑M1/47‑91 (MQ=255)aaTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt < 2:2930016/91‑1 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:1059605‑M1/46‑91 (MQ=255) taatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg > 1:3378774‑M1/45‑91 (MQ=255) tCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgga < 2:2012053‑M2/91‑4 (MQ=255) tCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgga < 1:1618564‑M2/91‑4 (MQ=255) cTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggag > 1:2048388‑M2/1‑87 (MQ=255) tACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagc < 2:1380519‑M2/91‑6 (MQ=255) ccATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctt < 2:2360633‑M2/91‑8 (MQ=255) aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt < 1:3626406‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt > 1:3033232‑M2/1‑82 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:554001/91‑1 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc > 2:3728714/1‑91 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc < 1:2492786/91‑1 (MQ=255) ataataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtt > 1:3794125/1‑91 (MQ=255) ataataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtt < 2:824886/91‑1 (MQ=255) taataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACttt > 1:1723022/1‑91 (MQ=255) aataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtttt < 1:3646183/91‑1 (MQ=255) tatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtat < 2:3056190/91‑1 (MQ=255) atTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTCTTCACTTTtata > 2:1642284/1‑91 (MQ=255) tttGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATaa < 2:2843444/91‑1 (MQ=255) tttGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATaa < 1:2741436/91‑1 (MQ=255) gAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAacac > 1:2106714/1‑91 (MQ=255) gAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAacac > 1:1325513/1‑91 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc < 2:2967262/91‑1 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc > 2:1558519/1‑91 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc > 2:3422472/1‑91 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc < 2:318572/91‑1 (MQ=255) cTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCa > 2:1045248/1‑91 (MQ=255) ttCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAAt > 1:1542140/1‑91 (MQ=255) cGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGa > 1:2914393/1‑91 (MQ=255) ggTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAt > 2:16010/1‑91 (MQ=255) ggTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGCTCAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACCTTTATAACACACCAATGac > 2:238631/1‑90 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt < 2:2053805/91‑1 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt < 2:1251613/91‑1 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 1:1871062/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 1:2386420/1‑91 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGAtt > 2:1668110/1‑91 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa > 1:1731442/1‑91 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:2000440/91‑1 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:1037000/91‑1 (MQ=255) aCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGc > 1:231427/1‑91 (MQ=255) cATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCt < 1:734969/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTg < 2:885874/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTg > 2:2119365/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTg < 1:3482278/91‑1 (MQ=255) tataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGAt < 1:1376513/91‑1 (MQ=255) AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtttt > 2:754936‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtttt > 2:2734613‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa < 2:2065989‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTAc < 1:97658‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTAc < 1:2546550‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggt < 2:1321718‑M2/91‑50 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt > 1:239948‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTGTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt > 2:3505192‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggta < 2:2694145‑M2/91‑51 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta < 1:1855679‑M1/91‑1 (MQ=255) tCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtaga < 2:476056‑M2/91‑53 (MQ=255) TCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatt < 1:2239456‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAACCTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 2:3294733‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 1:789259‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 1:2885137‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 2:1183374‑M1/91‑1 (MQ=255) CGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat < 2:1699651‑M1/91‑1 (MQ=255) CGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATAAAGCTGATGTTTTACtattat < 1:1686077‑M1/91‑1 (MQ=255) gATCACAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt < 2:3573853/91‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtagaatt < 1:2066245‑M2/91‑56 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 2:662313/1‑91 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTCTTCACTCTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 2:703876/1‑91 (MQ=255) aTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatgtagaattga < 1:2405078‑M2/91‑57 (MQ=255) cAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaat > 2:2855194/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtagaattgaaag < 1:390608‑M2/91‑61 (MQ=255) aGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtagaattgaaaga < 2:3262059‑M2/91‑62 (MQ=255) aGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAttaattaa > 2:3669982/1‑91 (MQ=255) gTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTaaa < 2:1855679/91‑1 (MQ=255) gTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTCCTTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTaaa < 2:3357637/91‑1 (MQ=255) ttAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagcttttttataatgtataccgaaaggttcaaatattatataatggtagaattgaaagaga < 2:1324791‑M2/91‑64 (MQ=255) aaaCTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTg > 1:1072482/1‑91 (MQ=255) 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cTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGt < 2:132580/91‑1 (MQ=255) cTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGt < 2:3071994/91‑1 (MQ=255) cTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGt < 2:16130/91‑1 (MQ=255) cTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGt < 1:255884/91‑1 (MQ=255) ttGATTGGAGCTTTTCAGTTTTATAACACATCGATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTc < 1:3317623/91‑1 (MQ=255) ttGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTc < 1:2126789/91‑1 (MQ=255) | AATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1775139‑1775319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |