| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2270512 = | 168 (0.880) | 14 (0.080) | 9/144 | NT | 9.0% | intergenic (‑155/+77) | ylmA/glmS | putative ABC transporter ATP‑binding protein YlmA/Glutamine‑‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase [isomerizing] |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2270545 = | 133 (0.780) | intergenic (‑188/+44) | ylmA/glmS | putative ABC transporter ATP‑binding protein YlmA/Glutamine‑‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase [isomerizing] | |||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ATTTTTACGCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTATCAACAT > USA300TCH1516_ALE/2270455‑2270635 | aTTTTTACGCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGcc > 1:1782080/1‑91 (MQ=255)aTTGTTACTCATTTCTGCCCAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGcc < 2:1365486/91‑1 (MQ=255) tttACGCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCata < 2:286961/91‑1 (MQ=255) tgtggaataattcacttttttagaatcaatcatgtattaaaattaaagtatatgGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCata > 1:1324102‑M1/55‑91 (MQ=255) ttACGCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCatat < 2:1023282/91‑1 (MQ=255) gtggaataattcacttttttagaatcaatcatgtattaaaattaaagtatatgGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCatat > 1:2990043‑M1/54‑91 (MQ=255) gtggaataattcacttttttagaatcaatcatgtattaaaattaaagtatatgGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCatat > 1:2989023‑M1/54‑91 (MQ=255) tggaataattcacttttttagaatcaatcatgtattaaaattaaagtatatgGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCAtata > 1:2191234‑M1/53‑91 (MQ=255) tACGCATTTCTGCCAAATTAAGATGTAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCAtata > 2:1879900/1‑91 (MQ=255) aCGCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATAc > 2:2482778/1‑91 (MQ=255) gCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtt > 1:945211/1‑91 (MQ=255) gCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtt > 2:3500258/1‑91 (MQ=255) gCATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtt > 2:508769/1‑91 (MQ=255) aataattcacttttttagaatcaatcatgtattaaaattagagtatatgGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtt > 1:3297898‑M1/50‑91 (MQ=255) cATTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACttt < 2:3088574/91‑1 (MQ=255) aTTTCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACttta < 1:2144694/91‑1 (MQ=255) ttCTGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtttaat < 2:1138405/91‑1 (MQ=255) tGCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCTATATACtttaatttt < 2:729875/91‑1 (MQ=255) gCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtttaatttta > 1:2006258/1‑91 (MQ=255) gCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtttaatttta < 2:1809214/91‑1 (MQ=255) gCCAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtttaatttta < 2:1445678/91‑1 (MQ=255) cttttttagaatcaatcatgtattaaaattaaagtatatgGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtttaattttaa > 1:1005048‑M1/41‑91 (MQ=255) ccAAATTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACtttaattttaa > 1:361789/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATAc < 2:1278124/91‑1 (MQ=255) ttAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAt > 2:2929511/1‑91 (MQ=255) ttAAGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAt < 2:2308903/91‑1 (MQ=255) aaGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtga > 2:1087572/1‑91 (MQ=255) aaGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtga > 1:1729794/1‑91 (MQ=255) aaGATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtga > 2:2492137/1‑91 (MQ=255) gATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtgatt < 1:108131/91‑1 (MQ=255) gATGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGAGCCATATACTTTAATTTTAATACAtgatt > 1:3110566/1‑91 (MQ=255) tGAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtgattga > 2:3556723/1‑91 (MQ=255) gAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtgattgat < 1:2121765/91‑1 (MQ=255) gAAGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACAtgattgat < 1:1852464/91‑1 (MQ=255) aGTAAAAGCTAAGTCTACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAAGCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTc < 1:1220404/91‑1 (MQ=255) aGTAAAAGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTc < 1:1585491/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTaa < 2:945211/91‑1 (MQ=255) aaaaGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTaa > 2:3236420/1‑91 (MQ=255) aaaGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTaaa < 2:2118412/91‑1 (MQ=255) aaaGCTAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTaaa > 1:519484/1‑91 (MQ=255) tAAGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGt > 1:1376188/1‑91 (MQ=255) ggaGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGt < 1:113267/89‑1 (MQ=255) aGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATgattgatt > 2:1636045/1‑79 (MQ=255) aGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATgattgatt < 1:1636045/79‑1 (MQ=255) aGTCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGa > 1:843340/1‑91 (MQ=255) tCGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAat < 2:2760402/91‑1 (MQ=255) cGACCTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAatt < 2:7430/91‑1 (MQ=255) ccTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAattatt < 1:2482778/91‑1 (MQ=255) cTAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTc < 2:1911134/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTcc > 1:3703004/1‑91 (MQ=255) tatatggcacccttttagattaatcgactagaagggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCca > 1:2191267‑M2/40‑91 (MQ=255) tatatggcacccttttagattaatcgactagaagggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCca > 1:2191356‑M2/40‑91 (MQ=255) aaaaaaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCca < 1:1052442/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCca > 1:1660815/1‑91 (MQ=255) aaaaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCcaca > 2:918659/1‑91 (MQ=255) aaaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAg > 2:402753/1‑91 (MQ=255) aaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGt < 1:2565851/91‑1 (MQ=255) aaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGt > 2:2446679/1‑91 (MQ=255) aaGCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGt < 1:3294349/91‑1 (MQ=255) GCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTaa > 1:3868867‑M1/1‑91 (MQ=255) GCACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATACACTTTAATCTTAATACATGATCGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTaa < 1:1169537‑M1/91‑1 (MQ=255) CACCCTTCTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAAc > 1:304675‑M1/1‑91 (MQ=255) 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cTAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTa > 1:643861/1‑91 (MQ=255) tAGTCGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAg < 2:1975804/91‑1 (MQ=255) cGATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAg > 2:1080273/1‑91 (MQ=255) gATTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAgg < 1:47746/91‑1 (MQ=255) aTTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGt < 2:3453863/91‑1 (MQ=255) aTTAATCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGt > 1:2047979/1‑91 (MQ=255) aaTCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTAc < 1:1701888/91‑1 (MQ=255) aTCTAAAAGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACg < 1:2021331/91‑1 (MQ=255) 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aaaGGGTGCCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGtt < 2:1205487/91‑1 (MQ=255) agggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTa < 1:2753042‑M2/84‑1 (MQ=255) gggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTAt > 1:938628‑M2/7‑91 (MQ=255) gggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTAt > 1:3534179‑M2/7‑91 (MQ=255) gggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTAt > 1:3375148‑M2/7‑91 (MQ=255) ggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTATc > 2:3748008‑M2/6‑91 (MQ=255) ggtgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTATc > 1:3440070‑M2/6‑91 (MQ=255) tgcCATATACTTTAATTTTAATACATGATTGATTCTAAAAAAGTGAATTATTCCACAGTAACTGATTTAGCAAGGTTACGTGGTTTATCaa < 2:384907‑M2/88‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |