New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2388299 | 158 (0.830) | 15 (0.100) | 8/126 | NT | 9.6% | intergenic (+34/+68) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2388344 | 158 (1.060) | intergenic (+79/+23) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
GCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTAC > USA300TCH1516_ALE/2388254‑2388434 | gCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACt < 2:1779174/91‑1 (MQ=255) ccATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTg < 1:2576509‑M2/91‑2 (MQ=255) ccATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTg < 1:1497982‑M2/91‑2 (MQ=255) aTGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgat < 1:59933‑M2/91‑4 (MQ=255) tGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgatt < 2:30995‑M2/91‑5 (MQ=255) tGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgatt > 2:1557039‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgatt < 1:76036‑M2/91‑5 (MQ=255) gAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattg < 2:2363542‑M2/91‑6 (MQ=255) gAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattg > 1:389773‑M2/1‑86 (MQ=255) aaCTAAATATTTATATTCAGAGATAAGAAGCATGCCAATCTCTATTCATCAGTTGTCTGGCCCCAAGATGCAATTATGCTGTACTGATTgg < 2:2248693/91‑1 (MQ=255) aaCTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattgg > 2:3393175‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattgg > 1:1850841‑M2/1‑85 (MQ=255) tAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcat > 2:327953‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcat > 1:1269862‑M2/1‑82 (MQ=255) 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aTAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGtt < 2:2819516/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTg > 2:1315335/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTg > 2:1345924/1‑91 (MQ=255) aaaaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGt < 2:1462185/91‑1 (MQ=255) aaGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTaa > 2:2163450/1‑91 (MQ=255) aGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 1:2919644/91‑1 (MQ=255) aGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc > 2:687869/1‑91 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatt < 1:2350702‑M2/91‑36 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatt < 2:126514‑M2/91‑36 (MQ=255) gCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAAGTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaacatt < 1:3497676‑M2/91‑36 (MQ=255) cATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatattt < 1:221117‑M2/91‑37 (MQ=255) aTGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCt < 2:3857267/91‑1 (MQ=255) tGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTgattggcatgctttttatttttgaatataaatatttag < 1:978893‑M2/91‑39 (MQ=255) tGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTATTTAGTTTGTAATGCtt > 2:1046561/1‑91 (MQ=255) ccAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTaa < 1:1651567/91‑1 (MQ=255) aTCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAacac < 2:2700773/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |