New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2442821 | 131 (0.690) | 10 (0.070) | 8/128 | NT | 9.5% | intergenic (+18/+40) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2442838 | 86 (0.570) | intergenic (+35/+23) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
AAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCA > USA300TCH1516_ALE/2442748‑2442928 | aaaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCt > 1:1863239/1‑91 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa > 2:926686‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa < 2:310654‑M2/91‑2 (MQ=255) cacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatc < 2:605290‑M2/91‑4 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat > 1:740051‑M2/1‑86 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:3811610‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 2:209955‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat > 2:2986368‑M2/1‑86 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataa > 1:2132251‑M2/1‑84 (MQ=255) tgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACt > 1:2060258‑M1/50‑91 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact > 2:2619820‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact < 2:431738‑M2/91‑10 (MQ=255) ataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTc > 1:404962‑M1/48‑91 (MQ=255) aGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttc > 2:737286‑M2/1‑80 (MQ=255) aGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATCTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttc < 1:2164706‑M2/91‑12 (MQ=255) taagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTcc > 1:658997‑M1/47‑91 (MQ=255) gAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGGTATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcc > 2:3348150‑M2/1‑79 (MQ=255) gAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcc < 1:1907665‑M2/91‑13 (MQ=255) gAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcc < 2:3553061‑M2/91‑13 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAACGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt < 2:1588094‑M2/91‑16 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt > 1:2460270‑M2/1‑76 (MQ=255) atatAATTAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcatatcttcctttt > 1:1947401‑M2/1‑75 (MQ=255) atatAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcctttt < 2:885825‑M2/91‑17 (MQ=255) tataATGAGTA‑TTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 2:3545931/91‑1 (MQ=255) gtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaaagaaAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 2:2768408‑M1/41‑91 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 1:431738/91‑1 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 2:657263/91‑1 (MQ=255) taccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc > 1:1487162‑M1/40‑91 (MQ=255) taATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc < 2:1688990/91‑1 (MQ=255) taATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc < 1:1159109/91‑1 (MQ=255) aaTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCa > 2:2837829/1‑91 (MQ=255) aaTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCa > 2:3177473/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCTTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 2:3121884/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 2:3048783/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:1535810/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 1:368579/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACAGAATGATATTTCAAATGAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCATGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:1552386/91‑1 (MQ=255) tGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 1:1394531/1‑91 (MQ=255) tGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAG‑AAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAttt < 2:1918600/91‑1 (MQ=255) gAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAttt > 1:2683415/1‑91 (MQ=255) gTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 2:2728897/91‑1 (MQ=255) gTATTTACGACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 2:3536258/91‑1 (MQ=255) tATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAt > 1:567480/1‑91 (MQ=255) tATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAt < 1:1964767/91‑1 (MQ=255) tttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttg > 2:1117083/1‑91 (MQ=255) tactacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgtt > 2:2810909/1‑91 (MQ=255) actacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgttg > 2:1444037/1‑91 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg < 2:1073485/91‑1 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg < 2:2297298/91‑1 (MQ=255) acatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgt > 2:2167725‑M1/25‑91 (MQ=255) aCATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGT > 2:2678971‑M1/1‑91 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATATCTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTT < 1:1674289‑M1/91‑1 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTT < 1:2614183‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATG < 1:2919876‑M1/91‑1 (MQ=255) gATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCTTAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTT > 2:1242049‑M1/1‑91 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg > 1:479680/1‑91 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg > 2:224413/1‑91 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa > 2:2642505/1‑91 (MQ=255) ttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGAt < 1:1050684/91‑1 (MQ=255) ttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGAt < 1:3481037/91‑1 (MQ=255) cAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATaa > 2:1675185/1‑91 (MQ=255) aaTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACg < 1:3709452/91‑1 (MQ=255) 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ttATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttaca < 2:821883‑M2/91‑68 (MQ=255) TTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa > 1:3622984‑M1/1‑91 (MQ=255) TTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa < 2:2285409‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAAc > 1:832208‑M1/1‑91 (MQ=255) TATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTACCAAAc < 2:2557532‑M1/91‑1 (MQ=255) TGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACAt < 1:2275659‑M1/91‑1 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAGCATc < 2:2118444‑M1/91‑1 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc > 1:3766152‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |