New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2455747 = | 166 (0.870) | 10 (0.060) | 5/132 | NT | 7.2% | intergenic (+5/+61) | lyrA/rpiA | Lysostaphin resistance protein A/Ribose‑5‑phosphate isomerase A |
? | USA300TCH1516_ALE | 2455795 = | 121 (0.770) | intergenic (+53/+13) | lyrA/rpiA | Lysostaphin resistance protein A/Ribose‑5‑phosphate isomerase A |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
AAAAAACTGAAGAACAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACAATAACTTGATCTGCCATATCTAAGAAGTATCCTGTCTC > USA300TCH1516_ALE/2455705‑2455885 | aaaaCTGAAGAACAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTct < 1:3190691/91‑1 (MQ=255) cTGAAGAACAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTctatac > 1:2392390/1‑91 (MQ=255) cTGAAGAACAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTctatac < 2:852969/91‑1 (MQ=255) gaagaaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCATTTctatacta > 1:470103/1‑91 (MQ=255) aagaaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTctatactat < 2:2669350/91‑1 (MQ=255) agaaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTctatactata < 2:178873/91‑1 (MQ=255) gaaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACtatat > 1:2063837/1‑91 (MQ=255) gaaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACtatat < 2:2451654/91‑1 (MQ=255) gaaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACtatat < 1:1809508/91‑1 (MQ=255) aaCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACtatata < 1:3013324/91‑1 (MQ=255) aCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTatatat < 1:3806829/91‑1 (MQ=255) aCAATCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTatatat < 2:224747/91‑1 (MQ=255) aTCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATAtattat > 1:975450/1‑91 (MQ=255) aTCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATAtattat > 1:975602/1‑91 (MQ=255) aTCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATAtattat > 1:55377/1‑91 (MQ=255) tCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATattatt < 1:294217/91‑1 (MQ=255) tCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATattatt < 1:1592453/91‑1 (MQ=255) tCTTCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTCGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATattatt > 2:972526/1‑91 (MQ=255) ttCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTAtttt > 2:2863039/1‑91 (MQ=255) ttCAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTAtttt < 1:2697223/91‑1 (MQ=255) cAGATAAAAACAAATGATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAATGATGATGCTAGCGAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTc < 2:1107995/91‑1 (MQ=255) cAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTc < 1:1771443/91‑1 (MQ=255) cAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTc < 1:944355/91‑1 (MQ=255) cAGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTc < 2:2721420/91‑1 (MQ=255) aGATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCt < 1:8003/91‑1 (MQ=255) gATAAAAACAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTa > 1:1136664/1‑91 (MQ=255) aaCAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAAttt > 1:794949/1‑91 (MQ=255) aCAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAAtttt < 2:1552994/91‑1 (MQ=255) aCAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAAtttt < 2:1001812/91‑1 (MQ=255) cAAATAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTa > 2:1610041/1‑91 (MQ=255) aaaTAATAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTaa < 1:3345594/91‑1 (MQ=255) aataatAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAac > 1:2924023/1‑91 (MQ=255) aataatAACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAac > 1:2813270/1‑91 (MQ=255) ataataACAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAaca < 2:788196/91‑1 (MQ=255) aataaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACAcc > 2:976223/1‑91 (MQ=255) aataaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACAcc > 2:1493222/1‑91 (MQ=255) aataaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACAcc < 1:2563285/91‑1 (MQ=255) aataaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACAcc < 1:2850494/91‑1 (MQ=255) ataaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTAAACAccc > 1:1944050/1‑91 (MQ=255) ataaCAAAGCGCTCGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTCTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACAccc > 2:3772828/1‑91 (MQ=255) taaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAGAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCct < 1:3111083/91‑1 (MQ=255) taaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCct < 2:3841949/91‑1 (MQ=255) taaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCct < 2:2262404/91‑1 (MQ=255) aaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCctc < 1:1617800/91‑1 (MQ=255) aaCAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCctc < 2:2776067/91‑1 (MQ=255) cAAAGCGCTTGCTAGTACCTCTTATAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCtt < 2:3618501/91‑1 (MQ=255) 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TAGTACCTCTTAAAATGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACaa < 1:3308850‑M1/91‑1 (MQ=255) TAGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACaa > 1:1778910‑M1/1‑91 (MQ=255) agcaCCTCCTACACAGCTGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTCTACGATATAGTATTTTTCTCAAATTTTAACTCCCTCTTGATTGCCTACCAt > 2:2262103/4‑91 (MQ=255) AGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACAAt < 1:1434457‑M1/91‑1 (MQ=255) AGTACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACAAt > 1:1109552‑M1/1‑91 (MQ=255) gcatcatctttttaagaggtactagcaagcgctttTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACAATa > 1:1274103‑M2/36‑91 (MQ=255) tACCTCTTAAAAAGATGATGCTAGCAAGCGCTTTTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACAATaa > 2:2926162/1‑91 (MQ=255) atcatctttttaagaggtactagcaagcgctttTCTATACTATATATTATTTTTCTAAAATTTTAACACCCTCTTGAGTGCCTACAATAAc > 1:704007‑M2/34‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |