| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1662011 | 191 (1.090) | 26 (0.170) | 16/156 | 13.2 | 13.8% | intergenic (‑98/+57) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1662026 | 159 (1.040) | intergenic (‑113/+42) | USA300HOU_RS08275/rpmG2_2 | 5‑formyltetrahydrofolate cyclo‑ligase/50S ribosomal protein L33 2 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATGATTATTTTGTTTCACGGTGTAAAGTTTGTTTGTTT > USA300TCH1516_ALE/1661921‑1662101 | tCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaaa > 2:1633958/1‑91 (MQ=255)tCATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGaaa > 1:1116430/1‑91 (MQ=255) cATGATGAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAc < 2:74671/91‑1 (MQ=255) atgatgAATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAcc < 2:875061/91‑1 (MQ=255) gatgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctc > 2:2600233/1‑91 (MQ=255) atgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctct < 2:567852/91‑1 (MQ=255) atgaATTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACctct > 1:273387/1‑91 (MQ=255) aaTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAAtctcaaaa < 2:1899504/91‑5 (MQ=255) aaTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAt < 1:1434154/91‑1 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt > 2:809042/1‑91 (MQ=255) aTTATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtt > 2:988483/1‑91 (MQ=255) ttATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAttt < 2:2122433/91‑1 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtttt < 1:28693/91‑1 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtttt < 1:2671299/91‑1 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGGGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAttct > 2:1782714/1‑89 (MQ=255) tATGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTATGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTAtttt < 2:3042689/91‑1 (MQ=255) aTGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTg < 1:100037/91‑1 (MQ=255) tGCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTga > 2:2409579/1‑91 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 1:2248143/1‑91 (MQ=255) gCGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCATTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgag > 2:604383/1‑91 (MQ=255) cGACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTgaga < 2:3009892/91‑1 (MQ=255) gACAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAt > 2:183363/1‑91 (MQ=255) aCAATTCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGAtt < 2:351828/91‑1 (MQ=255) ttCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAc > 2:1339996/1‑91 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 1:721338/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 1:458573/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 1:458216/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCAcc < 1:103755/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtt < 1:2828125/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttt > 1:1798044/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttt > 1:3072119/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttt > 1:1247269/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttt > 1:297046/1‑91 (MQ=255) aaTTTGTTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttttt < 2:2505223/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCttttt > 1:1384864/1‑91 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256235/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCtttttt < 1:256090/91‑1 (MQ=255) tttATTATTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATAAAAAAGGTGAAATCTCAAAATAAGAGGTTTCACCtttttaa < 2:2320111/91‑3 (MQ=17) tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:824640/1‑91 (MQ=255) tattatTTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTAtt > 1:824343/1‑91 (MQ=255) ttattTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGt > 2:7635/1‑91 (MQ=255) attTCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTa < 2:117070/91‑1 (MQ=255) tCAATTGAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatt < 2:20837/91‑1 (MQ=255) gAAAATCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaatt < 1:28765/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt < 2:2106149/91‑1 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 2:1079246/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 1:1906483/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattt > 1:2855441/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCATATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTaatttaaattta > 2:2731120/1‑91 (MQ=255) aTCTTTTATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAaatttaat < 2:3031041/91‑1 (MQ=255) ttttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaatttt > 1:96729/1‑91 (MQ=255) tttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaatttta < 1:1189009/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa > 2:1767855/1‑91 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa < 2:3081723/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa > 1:73808/1‑91 (MQ=255) ttATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaa > 1:2388859/1‑91 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat > 1:2059949/1‑91 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat < 1:1509161/91‑1 (MQ=255) tATCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAAtttaattttaat > 2:666193/1‑91 (MQ=255) aTCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATg > 1:2832526/1‑91 (MQ=255) aTCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATg < 2:318571/91‑1 (MQ=255) aTCATTTCATACGTGTGCATAATTAAAAAGGTGAAACCTCTTATTTTGAGATTTCACCTTTTTTATTGTTAATTTAAATTTAATTTTAATg < 2:865523/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |