New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090980 | 183 (1.040) | 14 (0.130) +AATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGC |
9/110 | 12.7 | 12.0% | intergenic (‑214/+324) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2265579 | 155 (0.880) | intergenic (+442/+587) | USA300HOU_RS11590/hin_3 | hypothetical protein/DNA‑invertase hin | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTACTAATTGTAAT > USA300TCH1516_ALE/2090891‑2091070 | gCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAtt < 1:340351/91‑1 (MQ=255) cccGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttt < 1:2666570/91‑1 (MQ=255) cccGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttt < 2:698905/91‑1 (MQ=255) cccGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttt > 2:685451/1‑91 (MQ=255) cccGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttt > 1:1417763/1‑91 (MQ=255) cGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAttttt < 2:1509052/91‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTAtttttt < 2:1117292/91‑1 (MQ=255) aaaaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTAtt < 2:489121/91‑1 (MQ=255) aaaaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGATAGCGATGGTTATTTTTGAtt > 2:3065539/1‑91 (MQ=255) aaaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGc < 2:1376822/91‑1 (MQ=255) aaGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCt < 1:940284/91‑1 (MQ=255) gACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTa > 2:1842112/1‑91 (MQ=255) cGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAAt < 2:1913665/91‑1 (MQ=255) cGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAAt > 1:1936478/1‑91 (MQ=255) cGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAAt < 2:1913628/91‑1 (MQ=255) cGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAAt > 2:2652248/1‑91 (MQ=255) gTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTc < 2:2684064/91‑1 (MQ=255) gTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTc < 2:3054764/91‑1 (MQ=255) ggCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCaa > 2:2063551/1‑91 (MQ=255) ggCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCaa > 2:1020273/1‑91 (MQ=255) ggCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCaa > 2:823710/1‑91 (MQ=255) ggCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCaa < 1:344051/91‑1 (MQ=255) gCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAAt < 2:2317505/91‑1 (MQ=255) gCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAAt < 1:1360680/91‑1 (MQ=255) cTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATa > 1:239024/1‑91 (MQ=255) aTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAg > 1:978666/1‑91 (MQ=255) aTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAg < 1:666793/91‑1 (MQ=255) aTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAg < 2:994458/91‑1 (MQ=255) tttAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCt < 1:2063814/91‑1 (MQ=255) tAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTg < 1:1055078/91‑1 (MQ=255) tAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTg < 2:958105/91‑1 (MQ=255) tAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATCTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTg < 2:1759461/91‑1 (MQ=255) agattaaagattaaATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGa > 2:1656573/1‑91 (MQ=255) agattaaagattaaATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGa < 1:219408/91‑1 (MQ=255) gattaacgattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTAGAt > 1:2403782/1‑91 (MQ=255) attaaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGAtt > 1:1485736/1‑91 (MQ=255) ttaaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTa > 2:1207341/1‑91 (MQ=255) taaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTAc < 1:967574/91‑1 (MQ=255) aaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACt > 1:2332959/1‑91 (MQ=255) aaagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACt < 2:506139/91‑1 (MQ=255) aagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTa > 2:1220583/1‑91 (MQ=255) aagattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTa > 2:1506537/1‑91 (MQ=255) agattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAg > 1:411177/1‑91 (MQ=255) agattaaaTTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAg > 2:617618/1‑91 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 2:1285923/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 2:2945021/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 1:434437/91‑1 (MQ=255) attaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGAGGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAc < 2:2390432/91‑1 (MQ=255) ttaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAcc < 1:1852592/91‑1 (MQ=255) ttaaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGAcc < 1:2901993/91‑1 (MQ=255) taaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCt > 1:492108/1‑91 (MQ=255) aaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTa > 1:1564031/1‑91 (MQ=255) aaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTa < 1:3060860/91‑1 (MQ=255) aaattaaTAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTACTCCTa > 2:2860076/1‑91 (MQ=255) 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aGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTAc < 2:2802357/91‑1 (MQ=255) aGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTAc < 2:2453166/91‑1 (MQ=255) aGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTAc > 1:1767385/1‑91 (MQ=255) gATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTACTaa > 2:1717188/1‑91 (MQ=255) aTTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTACTAATTGTAAt < 1:125400/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATAACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAGTAAACCAAACTGCAACATGGTACTAATTGTAAt > 1:2747946/1‑91 (MQ=255) | AGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGAAACCAGCCAAAGTTAGCGATGGTTATTTTTTATTGCTTAATTCAATAAGCTTGATTACTAGACCTATCAATGCAATAAGGAATAAACCAAACTGCAACATGGTACTAATTGTAAT > USA300TCH1516_ALE/2090891‑2091070 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |