New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090980 | 183 (1.040) | 14 (0.130) +AATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGC |
9/110 | 12.7 | 12.0% | intergenic (‑214/+324) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2265579 | 155 (0.880) | intergenic (+442/+587) | USA300HOU_RS11590/hin_3 | hypothetical protein/DNA‑invertase hin | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGCAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACTAATCAATAC > USA300TCH1516_ALE/2265490‑2265669 | aGCAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAACAAGACGGTGa > 2:2841309/1‑91 (MQ=255) aGCAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGa < 2:1908770/91‑1 (MQ=255) cAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGAcc < 1:547033/91‑1 (MQ=255) cAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGAcc > 1:1772563/1‑91 (MQ=255) cAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGAcc < 1:2303551/91‑1 (MQ=255) cAAAAGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGAcc > 1:2237569/1‑91 (MQ=255) aaaaGATGAAAGTCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCt < 1:2806183/91‑1 (MQ=255) aaGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTta < 2:3034047/91‑1 (MQ=255) aaGATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTta < 1:39176/91‑1 (MQ=255) gATGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTtata > 1:728475/1‑91 (MQ=255) aTGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTatat < 2:2759630/91‑1 (MQ=255) tGAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtatt > 1:1665647/1‑91 (MQ=255) ggAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACGCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGAGGGTGACCTTAtatt < 2:2631669/90‑1 (MQ=255) gAAAATCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtattt < 2:1349363/91‑1 (MQ=255) aaaaTCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtatttt > 1:1268691/1‑91 (MQ=255) aaaaTCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtatttt > 1:2091963/1‑91 (MQ=255) aaTCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtattttat < 1:2121949/91‑1 (MQ=255) aaTCATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtattttat < 2:2185266/91‑1 (MQ=255) aaTCAGTAACTCTTGAAACACAAATAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACGCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTAtattttat < 2:2873543/91‑1 (MQ=255) cATTAACTCTTGAAACACAAAAATGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATtttattta < 2:2362120/91‑1 (MQ=255) cATTAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATtttattta > 1:614350/1‑91 (MQ=255) tAACTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTaaaa > 1:2959185/1‑91 (MQ=255) aaCTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTaaaaa < 2:1833200/91‑1 (MQ=255) aCTCTTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAAt < 2:1051900/91‑1 (MQ=255) ctctTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATa > 2:2286861/1‑91 (MQ=255) tctTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAg < 1:664766/91‑1 (MQ=255) tctTGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAg < 2:2216629/91‑1 (MQ=255) ttGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGcc < 1:1897643/91‑1 (MQ=255) tGAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCt > 2:2104951/1‑91 (MQ=255) gAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCtt > 1:2242904/1‑91 (MQ=255) gAAACACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCtt > 1:2876323/1‑91 (MQ=255) aaaCACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTc > 2:1605173/1‑91 (MQ=255) aaCACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCa < 2:732962/91‑1 (MQ=255) aaCACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCACGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCa < 1:2457724/91‑1 (MQ=255) aaCACAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATCTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCa < 2:1635620/91‑1 (MQ=255) acacAAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCaa < 1:2760342/91‑1 (MQ=255) cacaAAAAGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCaaa < 2:428140/91‑1 (MQ=255) acaaaaGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCaaaaa > 1:155683/3‑91 (MQ=255) aaaGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGc < 1:1295657/91‑1 (MQ=255) aaGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGcc < 2:1617282/91‑1 (MQ=255) aaGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGcc < 1:2318512/91‑1 (MQ=255) aaGGGCAACACTCGGAAACATGATACCCTAATGAGCCCGTTAACAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGcc > 2:575219/1‑91 (MQ=255) aGGGCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCg > 2:1139919/1‑91 (MQ=255) gggCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCgg < 2:1530307/91‑1 (MQ=255) ggCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGACTTCAAAAATGCCGGt < 2:1215766/91‑1 (MQ=255) gCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTc < 2:2256255/91‑1 (MQ=255) gCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTc > 2:1875619/1‑91 (MQ=255) gCAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTc < 2:1471555/91‑1 (MQ=255) cAACACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCa < 1:1074486/91‑1 (MQ=255) aaCACTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCATTAAAAAATGCCGGTCaa < 2:1816894/91‑1 (MQ=255) cacTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAg < 1:393404/91‑1 (MQ=255) cacTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAg > 1:1245337/1‑91 (MQ=255) cTCGGAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCg < 2:1360619/91‑1 (MQ=255) gAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATa < 1:1523933/91‑1 (MQ=255) aaaCATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAg < 1:1682073/91‑1 (MQ=255) aaaCATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAg > 2:35093/1‑91 (MQ=255) aaaCATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATACTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAg > 2:2854106/1‑91 (MQ=255) aaCATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGa < 1:1665255/91‑1 (MQ=255) tGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGt < 2:2588996/91‑1 (MQ=255) tGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGt > 1:235667/1‑91 (MQ=255) tGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGt > 1:2850779/1‑91 (MQ=255) gTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGtt < 2:115122/91‑1 (MQ=255) gTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGtt < 1:2101224/91‑1 (MQ=255) ccTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTAtttt < 2:2485607/91‑1 (MQ=255) cTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTAttttt < 2:1376413/91‑1 (MQ=255) cTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTAttttt < 2:647534/91‑1 (MQ=255) cTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTAttttt < 2:647554/91‑1 (MQ=255) tAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTAtttttt > 2:2332084/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTa < 2:2487049/91‑1 (MQ=255) tGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATg < 1:1575964/91‑1 (MQ=255) gAGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGCTATTTTTTATgg < 1:2380200/91‑1 (MQ=255) aGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATgtt > 2:887723/1‑89 (MQ=255) aGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGt < 1:2110525/91‑1 (MQ=255) aGCCCGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGt < 1:2698424/91‑1 (MQ=255) cccGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCt > 2:734657/1‑91 (MQ=255) cGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTg < 2:472273/91‑1 (MQ=255) cGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTg < 1:1538338/91‑1 (MQ=255) cGTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTg < 1:2965129/91‑1 (MQ=255) gTTAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGa < 1:1244162/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAg > 1:2030355/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGt < 2:1785209/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGt < 1:927326/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGt < 1:2622617/91‑1 (MQ=255) aaaaaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTa > 1:2664788/1‑91 (MQ=255) aaaaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTAc < 1:2503754/91‑1 (MQ=255) aaaaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTAc > 1:345595/1‑91 (MQ=255) aaaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACt < 2:20646/91‑1 (MQ=255) aaaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACt < 1:1418922/91‑1 (MQ=255) aaaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACt < 2:807030/91‑1 (MQ=255) aaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACTa > 2:703189/1‑91 (MQ=255) aaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACTa > 1:1164148/1‑91 (MQ=255) aaGACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACTa > 1:1062620/1‑91 (MQ=255) gACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACTAAt < 1:1949555/91‑1 (MQ=255) gACGGTGACCTTATATTTTATTTAAAAATAGCCTTCAAAAATGCCGGTCAAAGCGAATAGAAGGTTATTTTTTATGGTCTTGAGTACTAAt > 1:990956/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |