| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2442821 | 201 (1.140) | 26 (0.180) | 14/148 | 13.6 | 13.7% | intergenic (+18/+40) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2442838 | 164 (1.140) | intergenic (+35/+23) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAA > USA300TCH1516_ALE/2442731‑2442911 | tATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAtt > 2:2952357/1‑91 (MQ=255) tATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAtt > 2:2010357/1‑91 (MQ=255) cATATATTCTTTGAAACTCTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTaa < 1:2653635/91‑1 (MQ=255) cATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTaa > 1:2977129/1‑91 (MQ=255) tatatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACGTAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATg < 2:2386098/91‑1 (MQ=255) tatatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATg < 1:1502409/91‑1 (MQ=255) atatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATgg > 2:117882/1‑91 (MQ=255) atatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATgg > 2:118232/1‑91 (MQ=255) tatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGc > 2:2589247/1‑91 (MQ=255) tatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGc < 2:1772373/91‑1 (MQ=255) ttCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCt < 2:480861/91‑1 (MQ=255) ttCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCt < 1:1656673/91‑1 (MQ=255) tCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCtt < 1:2108568/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTg > 1:1605087/1‑91 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg < 2:1326174/91‑1 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg > 2:827398/1‑91 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg > 2:870043/1‑91 (MQ=255) tGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGc > 1:2942974/1‑91 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATTAGTATTTACTACATAATGATATTTCTAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc < 2:2880112/91‑1 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc < 1:1080142/91‑1 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc < 1:434418/91‑1 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc > 1:1272316/1‑91 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTAt < 1:949125/91‑1 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTAt < 1:940711/91‑1 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGATATGATTTAATGGCCTTGAGCCTAt > 2:891177/1‑91 (MQ=255) cacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATc < 2:1851780/91‑1 (MQ=255) cacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATc < 1:2758394/91‑1 (MQ=255) acTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCa < 1:1115822/91‑1 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCAt < 2:1978901/91‑1 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATaa > 2:2286826/1‑91 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATaa > 2:2724751/1‑91 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACt > 1:1711572/1‑91 (MQ=255) aGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTc > 2:2824654/1‑91 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCt < 2:1515366/91‑1 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCt > 2:2050553/1‑91 (MQ=255) aaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAACTTAGAAAAAAGGATGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACCTCCtt > 1:2879888/1‑91 (MQ=255) aaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCtt < 2:2438793/91‑1 (MQ=255) tataATGTGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTa > 2:970489/1‑91 (MQ=255) tataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTa > 2:956248/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCGTTTTATCAt > 2:2878984/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 2:1427033/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 1:694762/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 1:1501215/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTAAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATcct > 2:53609/1‑89 (MQ=255) tGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 2:1570739/1‑91 (MQ=255) gAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAttt < 1:3068211/91‑1 (MQ=255) ggTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCGTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 2:992720/90‑1 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 1:2900093/91‑1 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt > 1:1761462/1‑91 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt < 2:1964837/91‑1 (MQ=255) gTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 1:615063/91‑1 (MQ=255) aTTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAtt < 1:2832708/91‑1 (MQ=255) tactacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgtt > 2:2151623/1‑91 (MQ=255) actacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgttg > 1:2869142/1‑91 (MQ=255) 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aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATg > 2:1051700/1‑91 (MQ=255) tGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGt > 1:2390688/1‑91 (MQ=255) tGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGt > 1:1552491/1‑91 (MQ=255) tatTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTc < 2:643805/91‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTc < 2:343266/91‑1 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg > 2:1705628/1‑91 (MQ=255) atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg < 1:1839290/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATGATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa < 2:1766826/91‑1 (MQ=255) 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aTGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACa < 1:2510314/91‑1 (MQ=255) gATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc < 2:663800/91‑1 (MQ=255) gATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc < 2:2558071/91‑1 (MQ=255) tttAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa < 1:1166757/91‑1 (MQ=255) tttAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa < 1:730690/91‑1 (MQ=255) tttAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa < 2:3076584/91‑1 (MQ=255) | TTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAA > USA300TCH1516_ALE/2442731‑2442911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |