| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 4311 = | 284 (1.190) | 6 (0.010) | 3/246 | 19.1 | 0.92% | intergenic (+276/‑189) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | 2053 = | 1037 (1.080) | intergenic (+286/+40) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
ATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATT > CP000731/4177‑4445 | tcTAATAAACTTCCTAAAACTTAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAcc < 2:616698/134‑1 (MQ=255) gCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GGAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAcc > 1:396224/1‑135 (MQ=255) cTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGATAAATAGTTAAACTCTT‑ATCAACACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCTGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAccc < 1:264103/135‑1 (MQ=38) cTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAccc > 1:332957/1‑135 (MQ=255) 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aaaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 1:567114/1‑135 (MQ=14) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGTCGACAATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg < 2:345640/135‑1 (MQ=11) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCTCGCCATCAATTGGAATAAAg < 2:435363/135‑1 (MQ=11) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg < 2:294843/135‑1 (MQ=11) tggtGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAACTGTTAAGCTGACCTTTTGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCTACGTCAATAAAGAAATTGGAATAAAGCa < 1:95642/132‑1 (MQ=11) tGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCGCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCa > 1:481754/1‑135 (MQ=17) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 2:550571/135‑1 (MQ=35) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 1:385698/135‑1 (MQ=35) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 2:245310/135‑1 (MQ=35) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGAATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 2:523455/135‑1 (MQ=25) aagaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTACGa > 2:676720/1‑135 (MQ=25) gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGatt < 1:107077/135‑1 (MQ=40) | ATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATT > CP000731/4177‑4445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |