| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 2365 = | 282 (1.180) | 4 (0.020) | 4/252 | 18.5 | 1.4% | intergenic (+145/+23) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0003/USA300HOU_pUSA300HOUMR0004 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 4302 = | 282 (1.260) | intergenic (+267/‑198) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCA > CP000731/4169‑4436 | aGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGCAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGt > 2:498172/1‑135 (MQ=255) gATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGtt > 2:635552/1‑135 (MQ=255) atatAATTTGCTAATAAACTTCCTAGAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTg < 1:354348/135‑1 (MQ=255) atatAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTg < 2:544620/135‑1 (MQ=255) aaTTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGggaa > 2:36523/1‑135 (MQ=255) aTTTGCTAACAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGagaag < 1:67776/135‑1 (MQ=255) gCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GGAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAcc > 1:396224/1‑135 (MQ=255) cTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAccc < 1:497249/135‑1 (MQ=255) taataaACTTCCTAAAACTGAATAAAGACAGATAGTTAAACTCAT‑TTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCt > 2:266952/1‑135 (MQ=255) ataaACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTa > 2:127406/1‑135 (MQ=255) ataaACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAAACCTTa > 2:605242/1‑135 (MQ=255) ataaAATTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACACGTCGAACTCA‑TACATAAGTCTGACGATTCTCCATGTCGTGGCATAGACACGCATTTCTTCCGATAAAATTTATTGATGTGGAGCATAACCCTTa < 2:191952/135‑1 (MQ=255) ttCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTaaa > 2:209228/1‑135 (MQ=255) ttCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCAGCAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTaaa > 1:610429/1‑135 (MQ=255) tCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTaagc > 2:85014/1‑133 (MQ=255) tCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAAc < 2:329013/135‑1 (MQ=255) 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ccacCCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTGGCCGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCt < 2:443027/134‑1 (MQ=9) cGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCaa > 1:509402/1‑135 (MQ=32) cGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGAACATTCGACAGGTTTGGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCaa > 1:291361/1‑135 (MQ=12) aaaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 2:592853/1‑135 (MQ=31) aaaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa < 1:78247/135‑1 (MQ=31) aaaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 1:306503/1‑135 (MQ=31) aaaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 1:567114/1‑135 (MQ=14) aaaaaaTTTATTGATGCTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa < 1:628568/135‑1 (MQ=14) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGTTTTACGTTAATAAAGCAATTGGAAGAAAg < 1:153628/135‑1 (MQ=11) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGATTAAAg > 1:479856/1‑135 (MQ=11) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg < 2:294843/135‑1 (MQ=11) gATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGAAGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg > 1:21043/1‑135 (MQ=11) | TAGATATAATTTGCTAATAAACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCAT‑GTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCA > CP000731/4169‑4436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |