| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 614093 | 124 (2.170) | 6 (0.110) | 3/264 | 6.0 | 4.8% | coding (2405/2844 nt) | sdrC | Serine‑aspartate repeat‑containing protein C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 614118 = | 114 (2.020) | coding (2430/2844 nt) | sdrC | Serine‑aspartate repeat‑containing protein C | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
CGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAG > USA300TCH1516_ALE/613986‑614251 | cGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAAACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGa > 1:77509/1‑135 (MQ=255) tcatgttCGCATTGCGAACCAGACTCAGTGTGAGACGTAGATACGGATAGCGACTTAGACTTAGATACCGATTCAGATTCAGATAGCGACTGGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCa < 2:275089/129‑1 (MQ=12) tCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCa > 1:509628/1‑135 (MQ=255) tCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACCAAG‑ATAGCGACTCa > 2:627611/1‑135 (MQ=255) aGACTCGGATAGCCACTCGGATTCTGATTGCGACTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑a < 2:280320/135‑1 (MQ=18) aCTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑Att < 1:71133/135‑1 (MQ=255) tCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACCCCG‑ATAGCGACTCAG‑Attac > 2:144980/1‑133 (MQ=255) tCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGAGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCCG‑GTGCCGACTCAG‑ATTC‑t > 2:37612/1‑135 (MQ=18) gcGGATAACGACGCAGACTCAGATAGCGACTCAGAGTCGGATAGCGACGCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGAATGAG‑ATTca > 2:31234/2‑134 (MQ=18) gATAGGGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGAc < 1:167161/135‑1 (MQ=255) gATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑TTAGCTACTCAG‑ATTC‑AGAc < 1:3262/135‑1 (MQ=255) gATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATGC‑TGAc < 1:451300/135‑1 (MQ=255) ttAGCGATCCACACTCAGAGAGCGTTTCAGATTCGGAGAGCGACCCAGACTCGGATTCCGATCCAGATTCAGATAGCTATTCCGACTCAGAGTGTGATTGAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TTACa < 2:19019/134‑1 (MQ=16) acggacactcacacgcagATTGCGATTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACCCAGATTGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACa < 2:164723/129‑1 (MQ=18) gCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTAAGATTCAGATAACGAATAGGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATTCCG‑ACAGCGACTCAG‑ATGC‑TGatggcg > 2:296074/1‑130 (MQ=17) atacagactcagaTAGCGACGCAGATTAGGATGGCGACTCAGACGGAGACAGCGAGTCAGATGCAGATGGCGATTCGGACACAGACAGTGATTCAGATTCAGAATCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGAtt < 2:242298/132‑1 (MQ=21) actcagacgcagACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGAtt < 2:511331/135‑1 (MQ=255) actcagaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACACAG‑ATAGAGACTCAG‑ATGC‑TGACACAGATtcagaga > 2:62851/1‑133 (MQ=17) acccagaTATCGACTCAGATTCGGATAGCGACTAAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATtcagact < 2:259143/132‑1 (MQ=255) gcagaTAGCGACTCAGATTCGGATCGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATtcagactca < 2:540144/134‑1 (MQ=255) gaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATCGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCGGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATtcagactcagac < 2:225820/135‑1 (MQ=255) gaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATtcagactcagac < 2:507710/135‑1 (MQ=255) gaTAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCACACAGCAATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATtcagactcagac < 1:405125/135‑1 (MQ=255) accGACTCTGGTCCGGATTGCGACTCAGACTCCGATTGCTATTCAGACACAGATACCTACTCGGACCCCAACACTGAGTCTGTTTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGc < 2:614/133‑1 (MQ=12) gACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGAGTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCgac > 2:316423/1‑135 (MQ=255) aGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGAGTCAGATTCAGATTGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCgactcaga < 2:458549/135‑1 (MQ=255) gATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCTACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCgactcagac < 1:130277/135‑1 (MQ=255) aTTCGGATAGCGACTCAGTCTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGGATCAGACAGCgactcagact < 1:368737/135‑1 (MQ=255) ggATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGActcagactcaga < 1:356062/135‑1 (MQ=255) gacaGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACtcagactcagac < 2:355139/132‑1 (MQ=255) gATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACtcagactcagac > 1:175512/1‑135 (MQ=255) gATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACACAG‑ATGGCGACTCAG‑ATTG‑TGACAGCGATTAAGACTCAGACAGAGActcagattgagaa > 2:628935/1‑134 (MQ=21) aTAGCGACTCAGACTCAGATAACGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACa > 1:47338/1‑135 (MQ=255) gCGACACCGACTCAGATAGCGATTCACATTCAGATAGCGACTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTg < 2:165695/135‑1 (MQ=255) cGACTCAGACTCAGATAACGAATCAAATTCAGATAGCGATGAAAACACATACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTga > 1:488969/1‑135 (MQ=21) gactcagactcaGATAGCGATTCAGATTAAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGACTCCGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTgat < 2:443614/135‑1 (MQ=255) actcagactcagATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTgctt > 1:162504/1‑135 (MQ=255) cagactcagaTAGCGGTTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGAGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGAAANCGANTNAGACTCAGACAGTgattcag > 1:377918/1‑135 (MQ=255) cagactcagaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcag > 1:343946/1‑135 (MQ=255) cagactcagaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACACAAACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcag > 1:575249/1‑135 (MQ=255) cagactcagaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGAATCGGACTCAGACAGTAATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcag > 1:156289/1‑135 (MQ=255) gactcagaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGAGAGTGAGTGGTCATGA‑ACCG‑TCCAGACGCAGACAGCGACTCAGACACAGCCAGTgattaagat > 2:429350/1‑135 (MQ=12) cagtTAGCGATCCAGCGTCAGATATCCACTCGGCCTCACACTGTGATTCAGACTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑AGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGattcagattcag < 2:49461/135‑1 (MQ=17) agaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGAttcagattcaga < 1:59700/135‑1 (MQ=255) gaTAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGAc > 1:526900/1‑135 (MQ=255) aGCGATTCAGCTTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGc < 1:60264/135‑1 (MQ=255) gCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCg < 1:480476/135‑1 (MQ=255) gCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTAAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCg < 1:413899/135‑1 (MQ=255) gCGATTCAGATCCAGATAGCGATCCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCg < 1:86144/135‑1 (MQ=255) gattctgatccaGATACCGATCCTGACTCAGACTAATATGCAGATGCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGACTCAACCTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGAc < 2:216658/135‑1 (MQ=14) gattcagattcaGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGAc < 1:26867/135‑1 (MQ=255) gattcagattcaGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑AGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAAACTCAGACAGAGAAGCCGAATCAGACAGCGAc > 1:262518/1‑135 (MQ=21) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑GTTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGATTCAGACAGCGACtca > 2:543453/1‑135 (MQ=255) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtca > 1:253790/1‑135 (MQ=255) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACgca > 1:454451/1‑135 (MQ=255) tcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATACCGACCCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattca < 2:171991/135‑1 (MQ=255) cagcgtgCGACTCGGTTTCAGACACTGATTCCGATCCAGCCTCCG‑TCAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattcag < 2:523550/129‑1 (MQ=17) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattcagat > 1:503502/1‑135 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattcagat > 2:143827/1‑135 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACGCAGACAGTGAGTCAGATTCAGACAGCGAGtcagattcagat > 2:269959/1‑135 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAACGACTCAG‑ATTC‑TGACGGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCCGATTCAGACAGCGACtcagattcagat > 2:291645/1‑135 (MQ=255) gatAGCGATTCGGACTCAGACAGTGAATCATAGGCAGACTCAGCATGGCG‑CGCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattcagat < 1:655492/135‑1 (MQ=18) atAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCATACTCAG‑ATAGAGACTCAG‑ATAC‑TGGCAGCTATTCAGACCCGAAAAGCGACTCATGCTAAGACAGTGATTCAGATACAAACAGCGACTCAGCTtcagtta > 2:208859/1‑135 (MQ=21) gATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgac < 1:401296/135‑1 (MQ=255) gATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACCCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgac < 1:291044/135‑1 (MQ=255) gATTCGGACTCAGACAGTGACTGAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgac < 1:517472/135‑1 (MQ=255) gACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGAGTCAGACGGTGATTCCAATTCAGACCGCGACACAGGCtcagaaggcggctcggag > 2:296165/1‑134 (MQ=17) gACTCAGACAGGGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagac < 1:613230/135‑1 (MQ=255) aCTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagact < 1:6618/135‑1 (MQ=255) tCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAACGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactca > 1:216197/1‑135 (MQ=255) tCAGACAGTGAGTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactca > 1:338166/1‑135 (MQ=255) aGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGGGACTCAGATtcagatagcgactcagactcaga < 1:219048/135‑1 (MQ=255) aGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcaga < 1:135802/135‑1 (MQ=255) gACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGCTTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagat > 1:647816/1‑135 (MQ=255) gACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcggat > 2:511516/1‑135 (MQ=255) gACAGTGATTCAGATTCAGACTCAA‑ATAACGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGGTtaagttagcgactcggactcagat > 1:45006/1‑135 (MQ=18) aCAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagataacgactcagactcagata > 1:223002/1‑135 (MQ=255) aGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCGGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagc > 1:264300/1‑135 (MQ=255) aGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagc > 1:85277/1‑135 (MQ=255) gattcagattcaGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgac < 1:96431/135‑1 (MQ=255) attcagattcagACTCAG‑ATAGCGACACAG‑ATTC‑TGACAGCTATTCAGAATCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACGCAGATtcagatagcgactcagacttagatagagact > 1:68169/1‑135 (MQ=17) attcagattcagAATCAG‑AAAGCGACTCCG‑ATTC‑TGACAACGATTCAGACTCCGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGCTTCAGATTCAGACAGCGACACAGATtcagatacctaccccgccacagaaagcgact > 2:124737/1‑135 (MQ=14) ttcagattcagaCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactc > 1:439893/1‑135 (MQ=255) cagattcagaCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcag > 1:590824/1‑135 (MQ=255) cagattcagaCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagaaagagactcag > 2:655463/1‑135 (MQ=255) ttcagaCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactc > 1:527625/1‑135 (MQ=255) ttcagaCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactc > 1:227649/1‑135 (MQ=255) ttcagaCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagacagcgactcagactcagacagcgactcagcttc > 2:235092/1‑131 (MQ=255) aCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactcagata > 2:474687/1‑135 (MQ=255) aCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactcagata > 1:162832/1‑135 (MQ=255) aCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactcagata > 1:162783/1‑135 (MQ=255) aCTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgacccagactcagata > 2:577189/1‑135 (MQ=255) cTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactcagatag < 1:608460/135‑1 (MQ=255) tCAG‑ATAGCGACTGAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagctactcagactcagatagcgactcagactcagatagc < 1:440156/135‑1 (MQ=255) cAG‑ATAGCGACTCAA‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactcagatagcg > 2:527748/1‑135 (MQ=255) cAG‑ACAGCGCCTCAG‑TTTC‑CGACAGCGATTCAGTCTCATACAGCGACTCAGACTCAGACTGCGATTCAGATTCCGACACCGACTCAGATtcagataccgactcagactcagatagcgactcagactcagatagcg < 2:262518/135‑1 (MQ=14) aTAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATACAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagacccagatagcgacccagactcagatagcaaca > 2:32685/1‑134 (MQ=255) aGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagagagggactcagactcagatagcgactag > 2:599285/1‑133 (MQ=255) gCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACGGCGACTCCGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcggactcagatagcgattcag > 2:122841/1‑135 (MQ=255) gCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATtcagatagcgactcagactcagatagcgactcagactcagatagcgactcag < 2:488969/135‑1 (MQ=255) | CGATTCAGACTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACTCAG‑ATAGCGACTCAG‑ATTC‑TGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAG > USA300TCH1516_ALE/613986‑614251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |