| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 567,290 | Δ3 bp | 5.5% | coding (194‑196/471 nt) | ctsR → | Transcriptional regulator CtsR |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 567293 = | 73 (1.130) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 5.5% | coding (197/471 nt) | ctsR | Transcriptional regulator CtsR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 567289 | 70 (1.190) | coding (193/471 nt) | ctsR | Transcriptional regulator CtsR | |||||
TGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > USA300TCH1516_ALE/567153‑567428 | atttgaagagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacg < 1:442962‑M1/1‑1 (MQ=255) tgaagagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtgg > 1:223873‑M1/138‑141 (MQ=255) gaagagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggt > 2:83062‑M1/137‑141 (MQ=255) gagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagctttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggtg‑gt > 2:213748‑M1/134‑141 (MQ=255) gagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggtg‑gt > 2:580649‑M1/134‑141 (MQ=255) gagtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggtg‑gt > 2:547894‑M1/134‑141 (MQ=255) gagtcgaatgaagatgtcggtgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggtg‑gt > 2:329195‑M1/134‑141 (MQ=255) agtcgaatgaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacgtggtg‑gtg < 2:498686‑M1/9‑1 (MQ=255) gtcgaaagaagatgtcgttgaaattcagagagcgaatatcgcacagcgttttgattgcgtaccatcacaattaaattatgtaatcaaaacacgattcactaatgaacatggttatgaaatcgaaagtaaacGtggtg‑gtg‑‑g > 2:711795‑M1/132‑141 (MQ=255) 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2:201116/1‑134 (MQ=255) cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGTAAATAAAGATGCAACAGGTTATATCAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACTTTCTATTTCTCAACAACAAGCTtattat < 1:500512/141‑1 (MQ=255) cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTtattat < 1:410053/141‑1 (MQ=255) ggTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGATtattatatt > 2:4254/1‑141 (MQ=255) aTGAAATTGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTg < 2:33261/141‑1 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTAGTGa > 2:457590/1‑141 (MQ=255) gAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGAt < 2:498268/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTCTTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATg < 1:767259/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:386646/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:770558/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 1:506708/141‑1 (MQ=255) gTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAg < 2:285592/141‑1 (MQ=255) aaaCGGGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGAt < 2:442962/141‑1 (MQ=255) aaCGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACACGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATa < 1:214608/141‑1 (MQ=255) aCGTGGTGGTT‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACATGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATGTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATaa < 2:413612/141‑1 (MQ=255) | TGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTG‑GTG‑‑GTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > USA300TCH1516_ALE/567153‑567428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |