| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 567,290 | Δ3 bp | 5.5% | coding (194‑196/471 nt) | ctsR → | Transcriptional regulator CtsR |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 567293 = | 73 (1.130) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 5.5% | coding (197/471 nt) | ctsR | Transcriptional regulator CtsR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 567289 | 70 (1.190) | coding (193/471 nt) | ctsR | Transcriptional regulator CtsR | |||||
TATTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > USA300TCH1516_ALE/567149‑567428 | tATTTGAAGAGTCGAATGAAGCTGCCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAAc < 2:420844/141‑1 (MQ=255)tATTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAAc < 2:417269/141‑1 (MQ=255) aTTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACg < 1:442962‑M2/141‑2 (MQ=255) tGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACgtgg > 1:223873‑M2/1‑137 (MQ=255) 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cATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTtattat < 1:410053/141‑1 (MQ=255) ggTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGATtattatatt > 2:4254/1‑141 (MQ=255) aTGAAATTGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTg < 2:33261/141‑1 (MQ=255) tGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTAGTGa > 2:457590/1‑141 (MQ=255) gAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGAt < 2:498268/141‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTCTTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATg < 1:767259/141‑1 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1:214608/141‑1 (MQ=255) aCGTGGTGGTTGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACATGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATGTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATaa < 2:413612/141‑1 (MQ=255) | TATTTGAAGAGTCGAATGAAGATGTCGTTGAAATTCAGAGAGCGAATATCGCACAGCGTTTTGATTGCGTACCATCACAATTAAATTATGTAATCAAAACACGATTCACTAATGAACATGGTTATGAAATCGAAAGTAAACGTGGTGGTGGTGGTTACATCCGAATCACTAAAATTGAAAATAAAGATGCAACAGGTTATATTAATCATTTGCTTCAGCTGATTGGACCTTCTATTTCTCAACAACAAGCTTATTATATTATTGATGGGCTTTTAGATAA > USA300TCH1516_ALE/567149‑567428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |