New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 633436 = | 128 (1.030) | intergenic (+160/‑384) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGAGAA > USA300TCH1516_ALE/633295‑633579 | taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATCAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAgg > 1:1241943/1‑148 (MQ=255) aaaTCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAggg > 2:832428/1‑148 (MQ=255) aatcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAgggg > 2:245471/1‑148 (MQ=255) atcaatcGTATATATGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGa < 1:868067/148‑1 (MQ=255) atcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATAAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCAACTGCAATGATTATACCACTGGGGGAAAGAgaggc > 2:741954/1‑147 (MQ=255) cGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTaaa < 1:734014/148‑1 (MQ=255) gTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAg < 2:1277832/148‑1 (MQ=255) gTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACGGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTCGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAg < 2:738034/148‑1 (MQ=255) aaGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGCCTTAAAACATATg > 1:1070984/1‑148 (MQ=255) aGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGt > 2:599995/1‑148 (MQ=255) gCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGtt > 1:293397/1‑148 (MQ=255) gCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGtt > 2:1375734/1‑148 (MQ=255) cACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGACACGTCATTCACTGTAATAACGTTTGGTTCAATTCATAGAACCCTACTGCAGTGATTATCGCTATGGGGGAAAGAGGGGAGTTAAAGTATGTGttt > 1:1030803/1‑148 (MQ=255) aaGCGAGGAGGTTCTGCTAACTTGAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATCCATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGTAAGGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTg < 2:221861/148‑1 (MQ=255) aGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTACAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGa > 1:702825/1‑148 (MQ=255) aGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACTCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGa < 1:116430/148‑1 (MQ=255) aGCTAGGAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATGATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGa < 2:1077929/148‑1 (MQ=255) tagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACtt > 1:557820/1‑148 (MQ=255) tagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACtt > 2:521131/1‑148 (MQ=255) 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cTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGc < 1:245193/148‑1 (MQ=255) cTTCAAAGTGCTTTTTAAATCGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGc < 1:119200/148‑1 (MQ=255) ttAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTa > 1:162508/1‑148 (MQ=255) aaaGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTAtt > 1:1062736/1‑148 (MQ=255) aaaGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTAtt > 1:1155487/1‑148 (MQ=255) 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gATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAata > 2:608776/1‑148 (MQ=255) aTTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAatat < 1:1208523/148‑1 (MQ=255) aTTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTGTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAatat < 2:843112/148‑1 (MQ=255) agcGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAAtattat < 2:137702/146‑1 (MQ=255) cGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAAtattatta > 1:786341/1‑148 (MQ=255) cGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTCAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAAtattatta < 1:354700/148‑1 (MQ=255) gCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAAttttattat > 2:483282/1‑148 (MQ=255) gggggAAAGAGGGGACTTAGAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAACTTCTATTGCTATTTTATTGTTAGGATTTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAgaga < 2:1205596/148‑1 (MQ=255) ggggAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGCGCATTTTATCCAACGCAAGTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGaaaa > 2:639962/1‑148 (MQ=255) ggggAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTCTTATAGCGaa > 2:595781/1‑148 (MQ=255) ggggAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGAGaa > 2:7019/1‑148 (MQ=255) | TAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGGACTTAAAGCATATGTTTAGCTTTGAATACTTAAAATTCTCTTGCTATTGAAATGTTAGGATGTAAATATGTCTTAGAGTATTTTGTCCAACGCAATTAATATTGAGACTCTAACCTTCAATATTATTATAGAGAA > USA300TCH1516_ALE/633295‑633579 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |