| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1454018 = | 96 (0.740) | 8 (0.070) | 5/270 | 8.6 | 8.1% | intergenic (‑97/+187) | odhA/arlS | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component/Signal transduction histidine‑protein kinase ArlS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1454048 = | 94 (0.790) | intergenic (‑127/+157) | odhA/arlS | 2‑oxoglutarate dehydrogenase E1 component/Signal transduction histidine‑protein kinase ArlS | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCTTTTCTTTCGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGATCCTATGACTTTGATTGACGT > USA300TCH1516_ALE/1453901‑1454193 | ttcttttcttTCGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTa < 1:93943/148‑1 (MQ=255)ttcttttcttTCGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTa < 2:1268631/148‑1 (MQ=255)ttcttttcttTCGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTa < 1:1371205/148‑1 (MQ=255) ttttttttCGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGt < 1:11518/148‑1 (MQ=255) tttctttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGtt < 2:805235/148‑1 (MQ=255) tttctttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGtt < 2:1312647/148‑1 (MQ=255) ttctttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGttt < 2:76709/148‑1 (MQ=255) ttctttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGttt < 1:273661/148‑1 (MQ=255) ttctttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTGACCTATTTAGCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGttt < 2:817664/148‑1 (MQ=255) tttcGTTTGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATTATATCACTATTGAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTAGCTGCTAAACACAAGAATCAACAACAGCGTTGATTCTTCTAGGTTtata < 2:1359180/148‑1 (MQ=255) tttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTCATTCTTCTAGGTTtata < 1:1034330/148‑1 (MQ=255) tttcGTTAGGCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTtata < 1:1124256/148‑1 (MQ=255) tttcCTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACGTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTTATTCTTCTAGGTTtata < 2:904808/148‑1 (MQ=255) ttcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAg > 2:151249/1‑148 (MQ=255) tcGTTAGTCATTTTACCCCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGa < 1:233204/148‑1 (MQ=255) tcGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGa < 1:925111/148‑1 (MQ=255) tcGTTAGTCATTCCACCTCCTCCTCAAAATTGTTGAATCGTTTACAATGTAATAAGATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGa < 2:1100202/148‑1 (MQ=255) gTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATg < 1:240359/148‑1 (MQ=255) gTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATg < 1:229169/148‑1 (MQ=255) ttAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGt < 2:201590/148‑1 (MQ=255) ttAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGt < 1:992753/148‑1 (MQ=255) ttAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGt < 1:190883/148‑1 (MQ=255) ttAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGt < 2:1232570/148‑1 (MQ=255) ttCATTTTATACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAtt < 2:960559/147‑1 (MQ=255) gTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTCTAGAGGTAtt > 1:251607/1‑148 (MQ=255) gTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAtt < 1:352081/148‑1 (MQ=255) gTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAtt < 2:246688/148‑1 (MQ=255) tCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATTTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTAGCTGCTACAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAttt > 2:931036/1‑148 (MQ=255) tCATTATACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAttt < 2:1170929/148‑1 (MQ=255) aTTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACTCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTa < 2:1233750/148‑1 (MQ=255) aTTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTa < 2:1365007/148‑1 (MQ=255) aTTTTACACACACCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTAATTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTa < 2:149011/148‑1 (MQ=255) ttttACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAtttttt > 2:43136/1‑146 (MQ=255) ttttACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTAt < 2:215902/148‑1 (MQ=255) ttttACACCCTCCACAAAAATATTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAGTCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTAt < 1:975798/148‑1 (MQ=255) cacCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTaa > 1:700709/1‑148 (MQ=255) cacCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTaa > 2:382033/1‑148 (MQ=255) cTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAAttt < 2:606896/148‑1 (MQ=255) cTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCCAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAAttt > 2:85411/1‑148 (MQ=255) ccACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTg < 2:105549/148‑1 (MQ=255) caAACATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAAAAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGa < 2:5983/148‑1 (MQ=255) caAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGa < 2:1185672/148‑1 (MQ=255) gTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTacaac < 2:525739/148‑1 (MQ=255) ttGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTgcaact > 2:1097350/1‑147 (MQ=255) aaCGCTTACAATTTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGaaa < 2:401016/148‑1 (MQ=255) aaCGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGaaa < 1:85775/148‑1 (MQ=255) aaCGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGaaa < 2:638199/148‑1 (MQ=255) aaCGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGaaa < 2:1194719/148‑1 (MQ=255) aaCGCTTACAATGTAATAATATCACTAATTAGTTAATTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGaaa < 2:668101/148‑1 (MQ=255) gCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGa < 2:816550/148‑1 (MQ=255) tACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATaa < 1:1166671/148‑1 (MQ=255) aCAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATaaa < 2:338818/148‑1 (MQ=255) aataatATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCAc > 1:1127727/1‑148 (MQ=255) aataatATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAACAAGCCTCAACAACAGAGCCATTACTGCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGGACAACAGAAATGATAAAGAACCAc > 1:1391053/1‑148 (MQ=255) aataatAACAATATTGAGTTATTGGTTGAAGTAGATTTACCTAATTATCTCCTAAACAGAATAATCAACAAGAGCGGGTGGTGGTCTAGGTTGGTGGATAGAAGTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAAAAGAAATGAAAAAGACCCAc > 2:352310/1‑148 (MQ=255) ataataTCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACt < 1:445756/148‑1 (MQ=255) atatCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGtt < 2:1337414/148‑1 (MQ=255) atatCACTATTGAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGtt < 2:457689/148‑1 (MQ=255) aCTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTAttt > 2:1409354/1‑148 (MQ=255) gatgtAGTTATCTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATAAATAAAATGTGGGACTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGt < 1:324570/144‑1 (MQ=255) aTTTAGTTATTTGTTAAAGTATATTAACCTATTTATCAGCTAAAAAGAAGAATCAACTAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAACTTTGGGACTACAACAGAAATGAGAAAGAACCACTGTTTATTTGtt < 2:1052300/148‑1 (MQ=255) aGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGttttgt > 1:693311/1‑146 (MQ=255) aGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCCAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTtat < 1:85411/148‑1 (MQ=255) tATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTGGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAgt > 2:701853/1‑148 (MQ=255) tATTTGTTAAAGTAGATTTACCGATTTATCTGCCAGGATTCAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAgt > 2:1294132/1‑148 (MQ=255) gtGTTTAAGTAGATTTTCGTATGTATCTGCTAAATAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTCCTAGGGTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGTGTACAACAGAAATGATAACGAACCACTGTTTCTTTGTTTTATAgttgt < 2:217941/147‑1 (MQ=255) ttAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTGGTTCt < 2:167180/148‑1 (MQ=255) ttAAAGTAGATTTACCTATTTAGCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCt < 2:546107/148‑1 (MQ=255) ttAAAGTAGATTCACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACACCAGAACGCACTGAGATCCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCt < 1:681023/148‑1 (MQ=255) tAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCtt < 2:457293/148‑1 (MQ=255) aaaGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTta < 2:311722/148‑1 (MQ=255) gTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATAc > 2:201432/1‑148 (MQ=255) aGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACAt < 1:301581/148‑1 (MQ=255) 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tCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTATGGAAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCAATGTTTATTTGTTTTATAGTTATCATAATATATTAGTGCCAGCTACtg > 2:628351/1‑148 (MQ=255) cTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAACGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAAtgt < 2:1215176/148‑1 (MQ=255) cTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGATCCACTGTTTATTTGTTTTAGAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAAtgt < 1:486685/148‑1 (MQ=255) cTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCTCTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAAtgt < 1:1100367/148‑1 (MQ=255) cTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAAtgt < 2:1171152/148‑1 (MQ=255) cTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAAtgt < 1:760613/148‑1 (MQ=255) cTAAAAAGAAGAATCAACAATAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTATTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTa > 1:996879/1‑148 (MQ=255) aaaaGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACtt < 1:1218839/148‑1 (MQ=255) aagaaTCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTAGTTaaaaa > 2:7525/1‑148 (MQ=255) aagaaTCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTaaaaa > 1:1158403/1‑148 (MQ=255) aaTCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAAtt > 1:147964/1‑148 (MQ=255) tCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGa < 1:510469/148‑1 (MQ=255) gaacaaAAGCGGTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTAGTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGAt < 2:1243197/147‑1 (MQ=255) aacaaAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGATc < 1:874608/148‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGATc < 1:802146/145‑1 (MQ=255) aaaaGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGATCCTa < 1:1179/148‑1 (MQ=255) ctAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGCACAACAGAAATGATAAAGAACCTCTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTAACAGCTAATGTGTACTTAAGAAATTGATCCTATGACTTTGATTGATGt > 2:861154/1‑148 (MQ=39) ctAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGCGCGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTCTTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCATAGCTAATGTGTATTTATACACTTGAACATATACCTttgcttcgatc > 2:1093064/1‑143 (MQ=255) | TTCTTTTCTTTCGTTAGTCATTTTACACCCTCCACAAAAATGTTGAAACGCTTACAATGTAATAATATCACTATTTAGTTATTTGTTAAAGTAGATTTACCTATTTATCTGCTAAAAAGAAGAATCAACAAAAGCGTTGATTCTTCTAGGTTTATAGATGTATTTTATTGTAAATTTTGGGAGTACAACAGAAATGATAAAGAACCACTGTTTATTTGTTTTATAGTTGTTCTTATACATTAGTCACAGCTAATGTGTACTTAAAAAATTGATCCTATGACTTTGATTGACGT > USA300TCH1516_ALE/1453901‑1454193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |