| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 34173 = | 73 (1.250) | 4 (0.070) | 3/254 | NT | 5.1% | coding (462/480 nt) | rlmH | Ribosomal RNA large subunit methyltransferase H |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 88831 | 77 (1.350) | intergenic (+204/‑561) | nusG_1/USA300TCH1516_00080 | Transcription termination/antitermination protein NusG/hypothetical protein | |||||
GGCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGATTTTTGA > USA300TCH1516_ALE/34033‑34312 | ggCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCgagga < 1:491910/141‑1 (MQ=255)ggCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGAGTACAGAGCATTTAAGATTATGCgagga > 1:220151/1‑141 (MQ=255) cGGATCAAACCGCCCGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGgaga < 2:568632/141‑1 (MQ=255) aacttattattgttaaggaggatattttttagtgtgtaaattaaaaagaattttagaagaataacatttatcaaaaaactgttcattaccttattaattgaaattatataattaaaaaccgcatcattaaccgatacgcAg > 1:287073‑M1/140‑141 (MQ=255) 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tAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCAt > 1:139852/1‑141 (MQ=255) tACGCACTATCATTCAGCAAAAGGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAg < 2:5323/141‑1 (MQ=255) aCGCACTATCATTCAGCAAGATTACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAgg < 1:37674/141‑1 (MQ=255) aCGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGGTTTTTCAGCCGCTTCATAAAgg > 1:599101/1‑141 (MQ=255) cGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAggg < 1:3906/141‑1 (MQ=255) agaattttagaagaataacatttatcaaaaaactgttcattaccttattaattgaaattatataattaaaaaccgcatcattaaccgatacgcAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAggg > 2:413873‑M1/94‑141 (MQ=255) cACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAt > 2:72978/1‑141 (MQ=255) cTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAttt < 1:109776/141‑1 (MQ=255) cTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAttt < 1:86259/141‑1 (MQ=255) tATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACAGCAAATGGGGCGGGTTGTGTTAATTGACCAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGAtttt > 1:538172/1‑141 (MQ=255) tCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGCGGCGGGTGGTGTTAATTGAACAAGTTTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGAAtttcaa > 1:98880/1‑138 (MQ=255) 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1:157997/1‑141 (MQ=255) tACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGATTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCAGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCaa > 2:556051/1‑140 (MQ=255) gaaaggacATTTGAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCAt < 2:190351/134‑1 (MQ=255) aaaccgcatcattaactgataagcAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATaa < 2:534022‑M1/117‑1 (MQ=255) gagCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGt > 1:231119/1‑141 (MQ=255) gagCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGt < 1:14652/141‑1 (MQ=255) gagCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATACCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGt < 2:33363/141‑1 (MQ=255) tAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAgg > 2:646254/1‑141 (MQ=255) gATAATGTGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTATCGGACGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTc < 2:663013/141‑1 (MQ=37) tGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGATCTTTTCAGCCTCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAt < 1:128083/141‑1 (MQ=255) ggaggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttt < 1:533283/140‑1 (MQ=255) cGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTTGTAAAGGGATTTTGAATGTATCAGCACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAGAGAGATTATCATAAGTAATGAGGGTTGTGAttt > 1:75095/1‑141 (MQ=25) cGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttt > 1:101601/1‑141 (MQ=255) aggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAGCATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttttt > 1:644233/1‑141 (MQ=255) aggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGTGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAAAGAGGTTCATGAtattt > 1:186689/1‑141 (MQ=255) aggagAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGAttttt > 1:539983/1‑141 (MQ=255) cAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGATTTTTGa < 2:148793‑M1/140‑1 (MQ=255) | GGCGGATCAAACGGCCTGCACAAGGACGTCTTACAACGCAGTAACTACGCACTATCATTCAGCAAAATGACA‑TTCCCACATCAAATGATGCGGGTTGTGTTAATTGAACAAGTGTACAGAGCATTTAAGATTATGCGAGGAGAAGCATATCATAAATGATGCGGTTTTTTCAGCCGCTTCATAAAGGGATTTTGAATGTATCAGAACATATGAGGTTTATGTGAATTGCTGTTATGTTTTTAAGAAGCTTATCATAAGTAATGAGGTTCATGATTTTTGA > USA300TCH1516_ALE/34033‑34312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |