| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 99 (1.090) | 68 (1.050) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
39/200 | 0.2 | 49.1% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512759‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998413 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATACTAAATAATGTTTTTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTT < 1:778781/141‑1 CTAAATAATGTTGGTAACTTTTAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCCACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTGTTAT < 2:603330/141‑1 aAAATAATGGTTGTAACTTATAGTGACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATC < 1:273529/140‑1 TAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATC < 1:443306/141‑1 AAATAATGTTTTTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACATTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGTCAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCT < 2:269621/141‑1 AAATAATGTTTGTAACTTTTAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCT < 2:410670/141‑1 GTTTGTGACTTATAGTTACGGTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCGATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAAGTATTTTTAGCTTGTCCAT > 1:73649/1‑141 TTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTACATGTTAATTTTTCTCACCGACATGAATTGATTATACATTGTATCAACCGTTAAGACAATACCTTTTTTTATCTTGTCCATT > 1:880497/1‑141 ACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTT > 1:908118/1‑141 TATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTTTTTTTTTCTAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAAC‑TTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTA > 2:728932/1‑141 TATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTT > 1:658648/1‑141 TAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAA > 2:342105/1‑141 AGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTTTTACCTTCTAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCGATAACTTTTTTTATCTTGTCTATTTTATTCTTTAAt > 2:191750/1‑140 AGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAAC > 2:535689/1‑141 AGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAAC > 2:127504/1‑141 GTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACC < 1:799597/141‑1 GTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACC < 2:18861/141‑1 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AA < 2:24299/141‑1 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AA < 2:823501/141‑1 TTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATT < 2:515355/141‑1 TTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCTTTTTATTTTTTAACCA‑AAATTT > 2:732729/1‑141 TTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGAT > 1:808210/1‑141 GAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAA > 2:42588/1‑141 ATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCACTAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTGACCA‑AAATTTGATTAAAA > 1:811608/1‑141 ATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAA > 1:417639/1‑141 ATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTGATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAA > 1:705089/1‑141 AACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAGAAAgc > 1:465330/1‑139 AACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAAa > 1:996993/1‑140 AACGGTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAAt > 2:338015/1‑140 ACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTTATTAAAAACCT > 1:104790/1‑141 ACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACT > 1:428255/1‑141 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCT > 1:964564/1‑141 GACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTG < 1:647128/141‑1 TTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACG > 1:909750/1‑141 TCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTC < 1:807455/141‑1 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCA‑TTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTA > 1:853091/1‑141 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCA‑TTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATCAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTA > 1:798434/1‑141 AGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTAACGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACCTTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCT > 1:726218/1‑141 GTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTA > 1:82072/1‑141 TTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAAAGAATTATACATTTGATCGACATTTAAGTCAAGAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTCACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCAACTCTAG > 2:237281/1‑141 CAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGA > 1:910513/1‑141 CAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGA > 2:950600/1‑141 AATGTTCAGTTTTCTTACCGACATGAATTAATTATTCATTTTATCAACGTTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTTTTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAA < 2:60482/141‑1 ATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCAGAAC > 2:524361/1‑141 ATGTTCATTTTTCATACCGACAAGAATTAATTATACATTTTCTCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACGA‑TAATTGGATTAAAAAACTGACTGACCACGTTCTCCTCTATCGTAAC > 2:946029/1‑141 TGTTCATTTTTCTTACCCACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACG < 1:365148/141‑1 GTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGT > 1:962813/1‑141 TTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTA > 2:656685/1‑141 CATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTTACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAG < 1:342105/141‑1 TTTCTTCCCGCAAAGAATTAATTATACATTTTATCACCATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTACAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCG < 1:172877/141‑1 TTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTTTTTT‑TTTTTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACTTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTACG > 2:179015/1‑141 TTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGA > 1:865778/1‑141 ACCGACAAGTATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 1:447202/141‑1 ACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTCAAAAACTGTTTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 2:908118/141‑1 ACCGACAAGAATCAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAATCA‑ACATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACC < 1:433236/141‑1 GACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATC < 2:929480/141‑1 AGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTTTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACG < 2:221313/141‑1 TTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAA > 1:245639/1‑141 CATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAA > 1:786238/1‑141 TTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAGCCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACT < 1:493499/141‑1 TTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACT < 1:461345/141‑1 TTATCAACATTTAAGTCAAGAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTC < 1:831553/141‑1 TTATCAACATGTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTC < 1:743972/141‑1 atcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTG < 1:46733/138‑1 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCGTTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAGGTTCGGCTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGT > 1:288684/3‑141 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTACCCA‑AAAATTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCCTCGACGCTGAGAAGCTGAACTTCTGT > 1:406369/3‑141 cAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTTTTTTTTTCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTATCGGAACTTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAAGAGCTTTACTTCTttt > 2:636266/2‑138 cAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTG > 2:628105/2‑141 AACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGT < 1:750573/141‑1 AACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGT < 1:392805/141‑1 AACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGT < 1:907059/141‑1 TTTAACTCAATAACTTTTTTTATCTTTTCCATTTTTTTTTTTTACCA‑AGCTTTGATTACAAAACTGCCTGGCAACGTTCTTCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGG < 1:164159/141‑1 GTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGG > 1:262456/1‑141 AATGACTTTTTTTATCTTGGCCAGTTTATTTTTTAACCA‑AAAGTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAA < 2:233266/141‑1 ATACCTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTACCCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCCACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAC < 2:391598/141‑1 ATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAC < 2:869750/141‑1 TTTTTTTCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTG < 2:13766/141‑1 TTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTG < 2:417639/141‑1 TTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAGTTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGA < 2:165515/141‑1 aCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGTCATGGGAACAGGTGTGACCTCC < 1:732729/140‑1 CTTCTCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCATTGGCTCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAGCGACGCTAAAGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCT < 2:700451/141‑1 TCCATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCGTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATAGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCCTGGGAACAGGTGTGACCTCCGTGCT > 2:341559/1‑141 CATTTTATTTTTTAACTA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTCCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAT < 1:61337/141‑1 CATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAT < 1:869097/141‑1 CATTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAT < 1:844265/141‑1 TTTTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAG > 1:111872/1‑141 TTATTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTC < 1:656685/141‑1 TTTTTTTACCACAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAC < 2:658648/141‑1 TTTTTTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACC > 1:342653/1‑141 TTTAACCA‑GAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGACCTTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGA < 1:377765/141‑1 TTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCAGCGTGGTAACAGGTGTGACGTCCTTGCTCTAGTCACCAGAa > 2:64713/1‑140 TTAACCA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATTGACGCTAAGGAGGTTAACTTCTGTATTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCGATAGTCccacgac > 2:744303/1‑134 CA‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTCCCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGGCCTCCTTACTATAGTCACCAGACATATG > 2:154738/1‑141 A‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGTTGTGACCACCGTGCTATAGTTTCCAGACCTATGt > 1:449252/1‑140 A‑AAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGA < 2:815121/141‑1 AATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAT < 2:243081/141‑1 ATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGCACGTAAGTTCGACTACCGTCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGCGCTCCATGCTATAGTGACCAGACATATGAcgg > 2:667174/1‑138 TTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGACCAGGTGTGACCTCCATGCTATAGTCACCGGACATATGAATGTA > 2:103698/1‑141 ATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > 2:529107/1‑141 ATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT < 2:865778/141‑1 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATACTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/512759‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > USA300TCH1516_ALE/1998278‑1998413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |