| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 99 (1.090) | 68 (1.050) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
39/200 | 0.2 | 49.1% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998139‑1998418 | cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTATCCGCTTTaa > 2:920012/1‑141 (MQ=25)cTGATTACAAGTCAGTTGCAATGGCTATTAAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa > 2:457588/1‑141 (MQ=11) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 2:134900/141‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATCACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTg < 1:513100/141‑1 (MQ=255) tCAGTTGCTCTACCAATTGCGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGc < 2:805455/141‑1 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCTCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 1:245755/1‑141 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 2:750220/1‑141 (MQ=255) gTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCGTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAAc > 1:473509/1‑141 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt > 1:300408/1‑141 (MQ=255) gCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGtt > 1:941311/1‑141 (MQ=255) ctctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑c < 2:37191/141‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTActc > 2:432507/1‑141 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGATGAGCTAATTCTCCGATGTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGa > 2:372541/1‑141 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTACCGGaa > 2:217085/1‑141 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACg < 2:716816/141‑1 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCTGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGt > 2:290325/1‑141 (MQ=255) aGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAATTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGt > 2:2514/1‑141 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTa > 1:935675/1‑141 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACAGCATCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAACGGAAAGTa > 2:653071/1‑141 (MQ=17) ggCCGGCAAGATGGAAGAAGAAATCGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCTGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTa > 2:732078/1‑141 (MQ=17) gCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGACTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑GTACTCCAGCGGAACGTaa > 2:3866/1‑141 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 2:928035/141‑1 (MQ=255) atGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACtc > 1:460861/1‑140 (MQ=255) atGTAACGATAAATGGTCGAGAATGACGGGTCCGAACCGCCGACCCTCTGGTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa < 2:678158/141‑1 (MQ=17) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGATCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCCGAACGTAACTTCGACTAcc < 2:556639/141‑1 (MQ=255) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGGTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGCACGTAAGTTCGACTAcc > 2:979028/1‑141 (MQ=255) taggAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCa < 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tAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACg < 1:26472/141‑1 (MQ=255) tAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCCACg > 1:336770/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGCACATCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGCCTCCCATCGACGc > 1:386383/1‑141 (MQ=14) aaaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 1:743850/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGcc > 2:661768/1‑140 (MQ=255) ggtggagagaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAACCTGCCTGCCAACGAT‑CCTCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTa < 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tggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGa > 1:896759/1‑141 (MQ=255) agaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCt < 1:4591/141‑1 (MQ=255) acgACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCGTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTAGTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTaa < 2:634233/139‑1 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc > 1:595403/1‑141 (MQ=255) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc > 1:624405/1‑141 (MQ=255) aCGGGTTGGAACCGCCGACCCTCTCCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt > 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ccAGCTGTGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 1:774418/141‑1 (MQ=255) aGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 2:832404/141‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 1:660366/1‑141 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg > 1:851930/1‑141 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAATTCGACTACCATAGACGCTCGGGAGCCTAGCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATATACACCAg > 2:154940/1‑141 (MQ=14) cTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa > 2:103919/1‑141 (MQ=255) gAGCTAAATCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:151022/141‑1 (MQ=255) ggCTAATTCTCCGATTGAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:2514/140‑1 (MQ=255) accTAATTCTACGATTGAAAACCGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat < 1:290325/139‑1 (MQ=255) cTAATTCTCTAATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAACTCCTTGCTATAGTCACCAGACagat > 1:729461/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat > 1:765197/1‑141 (MQ=255) tAATTGTCCGTTTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGTAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:150063/141‑1 (MQ=255) tAATTGTCCGATTTACAACGGCCCCGCAACTTT‑CTACTCTAACGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGTAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:644097/141‑1 (MQ=11) tAATTCTCCGCTTTAAAACTGCCGGGCAACGTT‑CTACTCGAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:193304/141‑1 (MQ=255) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:618521/141‑1 (MQ=255) aTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAATGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCGATAGTCACCAGACATATGaa < 1:601124/141‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATg < 2:901054/141‑1 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAATCACCAGACATATGACTg > 2:526447/1‑141 (MQ=255) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTGTAGTCACCAGGCATATGAATGTCAt > 2:3684/1‑141 (MQ=255) cGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt > 2:632041/1‑141 (MQ=38) gATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAGCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGCCATATGAATCTAAtt > 2:326353/1‑141 (MQ=255) tttAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta > 1:680687/1‑141 (MQ=35) tttAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGGGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGCaactag > 1:222227/1‑137 (MQ=255) aaaaCTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 1:42588/141‑1 (MQ=33) | CTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTT‑CTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998139‑1998418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |