New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 2041 | 1830 (1.040) | intergenic (+274/+52) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 2098 total aligned reads displayed.
GTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGA > NC_012417/1834‑2114 | gttgttGCTTACTTTTTGTTTTTTTAAAAATATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAc < 2:645058/141‑1 (MQ=255) gttgttGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACAAGATAGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAc < 2:390366/141‑1 (MQ=255) ttgttgCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTGGAGAAGAACCCTTAACt > 1:3174/1‑141 (MQ=255) tgttgCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAGTTATTGATGTTTAGAAGAACCCTTAACTa > 1:887687/1‑141 (MQ=255) cTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACtt > 2:11061/1‑141 (MQ=255) ttACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATACAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATATTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTg > 1:432535/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCa < 1:184491/141‑1 (MQ=255) ttttttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAg < 1:826231/140‑1 (MQ=255) tttttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGa > 1:242799/1‑141 (MQ=255) tttttGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTAATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGa > 1:796113/1‑141 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< 1:995638/141‑1 (MQ=40) gaagaaCCATTAACTAAACTTGCATACGAATGTCGGCATAGCGGGAGCTATTAAGCCGGCCATTCGACAAGATTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTaa > 2:731156/1‑141 (MQ=14) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAcc < 1:138613/141‑1 (MQ=255) gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCGTTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATACAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAGCTAAccc > 2:832368/1‑141 (MQ=255) gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAccc < 2:953890/141‑1 (MQ=255) aaaCCCGTAACTAAACTTGCAGACGAAGGGCGGCATAGCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGAAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAAccc < 1:152883/140‑1 (MQ=14) aaCCCTTAACTAATCTTGCGGACGAATGTCGGAATAGCGTGAGCTATTCAGCCGACCATTGGGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCg < 2:791766/141‑1 (MQ=14) cccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTa < 1:490660/141‑1 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt < 1:350533/141‑1 (MQ=255) ccTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAt > 1:74848/1‑141 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAtt > 2:271948/1‑141 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAtt < 2:211012/141‑1 (MQ=255) ttAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTAttt < 2:367566/141‑1 (MQ=255) aCTAAACTGTCGGGCGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACTATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAg < 2:344010/141‑1 (MQ=17) cTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa < 1:940994/141‑1 (MQ=255) cTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGa < 1:65004/141‑1 (MQ=255) | GTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGA > NC_012417/1834‑2114 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |