| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 1610 | 2 (0.480) | 65 (0.050) | 21/250 | 0.0 | 4.8% | intergenic (+395/‑461) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1047 | 2570 (0.940) | coding (148/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
AATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTTTTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAA > CP000731/1473‑1750 | ataAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaatt < 1:57890‑M1/140‑88 (MQ=255) aaGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaat > 3:317462‑M1/1‑48 (MQ=255) tGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaaggtcttaaaaaataattttgcttttcgaaattcccaattgcggt > 1:952545‑M1/1‑42 (MQ=255) ttATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaatt > 1:681023‑M1/1‑38 (MQ=255) tATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtactttttttttttttttcaacaaaaaaaacattagtcaacactaatttcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattt > 4:226691‑M1/1‑37 (MQ=255) tttGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatg > 2:577824‑M1/1‑33 (MQ=255) tttGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatg > 2:468400‑M1/1‑33 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtg > 1:1019776‑M1/1‑31 (MQ=255) tgtgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtg > 3:73466‑M1/1‑31 (MQ=255) tgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgcaattccaaattgcggtaattgaatgtgct > 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tgACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgct > 1:211695‑M1/1‑29 (MQ=255) gACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctt > 1:882860‑M1/1‑28 (MQ=255) aaaTGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgcttttt < 1:235823‑M1/141‑117 (MQ=255) aaTGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttttttttttttaacaaaaaagacattagtcaacactaatttcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaatttctgtaattgaatgtgctttttt > 4:55439‑M1/1‑24 (MQ=255) aTGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttct > 2:767429‑M1/1‑23 (MQ=255) aTGCTGTATGTAGTGTCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttct > 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tgtCACAAAAataagacagtacttttttttaattattcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttt > 2:70958‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgcttttttttcttcttctgttg > 2:383238‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 1:105008‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg < 2:423431‑M1/141‑132 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 3:143977‑M1/1‑10 (MQ=255) tgtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttg > 2:950076‑M1/1‑10 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttatttttattcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggaaattgtatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 4:338066‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttattaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattctaaatttcggtaatttaatgtgctttttcttcttcgtctgtttt > 4:23678‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactgatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 2:547699‑M1/141‑133 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaatgataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:763586‑M1/141‑133 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:717479‑M1/141‑133 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 2:4947‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:375934‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 4:404080‑M1/141‑133 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 2:721437‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 2:84332‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 3:121661‑M1/141‑133 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 4:53266‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 1:569409‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt > 3:302533‑M1/1‑9 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:980529‑M1/141‑133 (MQ=255) gtCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgt < 1:142319‑M1/141‑133 (MQ=255) 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1:552205‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtt > 1:11008‑M1/1‑8 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgtt < 1:334591‑M1/141‑134 (MQ=255) tCACAAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataat < 1:615569‑M1/79‑72 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgcttttttttctttgtctgttgttt > 3:409059‑M1/1‑7 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttt < 4:16596‑M1/141‑135 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttt > 3:264358‑M1/1‑7 (MQ=255) 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> 2:106677‑M1/1‑7 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttt > 2:152392‑M1/1‑7 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgt < 2:60351‑M1/136‑130 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcgg < 2:171157‑M1/105‑99 (MQ=255) cacaAAAataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgctt > 1:861679‑M1/1‑7 (MQ=255) cacaAAAataagaaagtacttttttataaaaaataaacaaaaaagacattagtcaaaactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttctttttcgtctgttgttt > 2:515412‑M1/1‑7 (MQ=255) acaAAAataagacagtactttttttttttttttcaacaaaaaagacattagtcaacactaatttcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtcttttgtttt > 4:286186‑M1/1‑6 (MQ=255) 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aaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaacgtgctttttcttcttcgtctgttgttttat < 1:833411‑M1/141‑138 (MQ=255) aaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatc < 2:484715‑M1/141‑139 (MQ=255) aaataagacagtacttttttataaaaaatccacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttattcttcgtctgttgttttatcc > 2:868346‑M1/1‑2 (MQ=255) aaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatct < 1:461860‑M1/141‑140 (MQ=255) aaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatct < 1:62797‑M1/141‑140 (MQ=255) 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aataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaaagacattagtcaacactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcggtaattgaatgtgctttttcttcttcgtctgttgttttatctt < 2:976284‑M1/141‑141 (MQ=255) | AATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTTTTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAA > CP000731/1473‑1750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |