| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 4323 = | 4 (0.950) | 28 (0.020) | 17/256 | 0.0 | 2.3% | intergenic (+288/‑177) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | 2035 = | 2367 (0.850) | intergenic (+268/+58) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
ACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTA > CP000731/4189‑4463 | gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgtgttactttagatactattgattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 3:310935‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaagaatcccaa < 4:358489‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 1:849053‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 1:620176‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 2:125690‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 3:205008‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 1:856575‑M1/1‑1 (MQ=255)gataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggattcgaaggatgtccaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaa < 1:473281‑M1/1‑1 (MQ=255) ataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaa < 1:374961‑M1/2‑1 (MQ=255) ataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaa < 4:281126‑M1/2‑1 (MQ=255) ataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaa > 1:260227‑M1/140‑141 (MQ=255) ataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaaggtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgactttgatcctcggaacccttaacaatccaaaa < 4:333764‑M1/2‑1 (MQ=255) ataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggattcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaa < 1:747022‑M1/2‑1 (MQ=255) aaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAAc < 2:839023‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAAc < 1:145754‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAAc > 2:635445‑M1/138‑141 (MQ=255) aaaggacacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaagccttaacaatcccaAAACt > 4:302406‑M1/137‑141 (MQ=255) aaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACt > 2:520276‑M1/137‑141 (MQ=255) aaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACt < 1:426551‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACt > 2:760894‑M1/137‑141 (MQ=255) aaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACt > 2:78815‑M1/137‑141 (MQ=255) aaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACtt < 2:352344‑M1/6‑1 (MQ=255) aggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTg > 2:435731‑M1/135‑141 (MQ=255) aggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTg > 1:983981‑M1/135‑141 (MQ=255) aggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTg > 4:306483‑M1/135‑141 (MQ=255) aggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTg > 2:378692‑M1/135‑141 (MQ=255) aggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTg > 2:409904‑M1/135‑141 (MQ=255) aggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaagcccaAAACTTg > 2:277132‑M1/135‑141 (MQ=255) gaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTg > 1:689997‑M1/83‑141 (MQ=255) gcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAg < 1:762734‑M1/64‑1 (MQ=255) agctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTAATGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GCACCCTTAACTAAACTTGCAGACGTATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTAtt < 3:119083‑M1/66‑1 (MQ=255) ctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAGCCTCG‑‑‑GAACCCCTAACTAAACTTGCAGACAAATG‑TCGGCATGGCGTGAGCTAt < 4:266760‑M1/68‑1 (MQ=255) ggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTGT‑‑‑CGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAg > 2:310414‑M1/105‑141 (MQ=255) cgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTGT‑‑‑CGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTa > 1:1009847‑M1/100‑131 (MQ=255) gaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTGT‑‑‑CGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGAcc > 2:1013421‑M1/99‑141 (MQ=255) caatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAAc < 2:904351‑M1/4‑1 (MQ=255) atgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACaa > 1:583710‑M1/87‑141 (MQ=255) atgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGa > 1:657277‑M1/49‑141 (MQ=255) taatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAGCCTCG‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGa > 3:96203‑M1/46‑141 (MQ=255) taatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGa > 2:555841‑M1/46‑141 (MQ=255) atcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGAtt > 1:230828‑M1/44‑141 (MQ=255) 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1:895654‑M1/141‑1 (MQ=255) aTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAA > 1:963334‑M1/1‑141 (MQ=255) tttATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAt > 1:210673‑M1/1‑140 (MQ=255) tttATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAt > 2:444830‑M1/1‑140 (MQ=255) tttATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAt > 2:591765‑M1/1‑140 (MQ=255) tttATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAt < 2:710496‑M1/141‑2 (MQ=255) 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< 3:259322‑M1/105‑1 (MQ=255) aTGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGTCTGCAAGTTTagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctatt > 1:43706‑M1/1‑84 (MQ=255) aTGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAtgcgtcgt < 2:570258‑M1/141‑9 (MQ=255) tGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAttttctcggcataaatgcgtcgtcta > 3:106643‑M1/1‑115 (MQ=255) ag‑‑‑aa‑‑‑gaACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTtgggattgttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttt > 3:366427‑M1/1‑75 (MQ=255) g‑‑‑aa‑‑‑gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATACAtgcgtcgtctatttt > 4:395900‑M1/1‑126 (MQ=255) g‑‑‑aa‑‑‑gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAA > 2:883894‑M1/1‑126 (MQ=255) a‑‑‑gaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAttttctcggcataaatgcgtcgtctattttt > 3:278224‑M1/1‑110 (MQ=255) aaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAAT < 1:441972‑M1/105‑1 (MQ=255) cccTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAtgcgtcgtctattttttatta > 1:196034‑M1/1‑120 (MQ=255) ttAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTtgggattgttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttc > 3:138712‑M1/1‑65 (MQ=255) tAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTtgggattgttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttca > 1:881935‑M1/1‑64 (MQ=255) tAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGAATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTtgggattgttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttca > 4:130869‑M1/1‑64 (MQ=255) aCTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTtgggattgttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatt > 4:240010‑M1/1‑62 (MQ=255) aaaCTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACATCAATAAAttttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatg > 2:67758‑M1/1‑97 (MQ=255) | ACTTCCTAAAACTGAATAAAGAAAAATAGTTAAACTCATGTAATCACTCCATAATTCTGAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATG‑TCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑ACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTA > CP000731/4189‑4463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |