| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | = 4381 | 10 (2.380) | 54 (0.040) | 21/256 | 0.0 | 4.1% | intergenic (+346/‑119) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | = 1975 | 2506 (0.900) | intergenic (+208/+118) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
GAAGTGTCTCCATGTCTACGCATAGACACGCATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTG > CP000731/4247‑4521 | tgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGAGTGAGCTTTTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGAt > 2:307736‑M1/48‑141 (MQ=255) atcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGAtt > 1:230828‑M1/44‑141 (MQ=255) cttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAGCCTCG‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGt > 2:762734‑M1/42‑141 (MQ=255) aaatacgggttactttagatactatttattccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaAAACTTGT‑‑‑CGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGt > 4:140703‑M1/77‑141 (MQ=255) ttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGtt > 4:302954‑M1/41‑141 (MQ=255) taaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTa > 1:405808‑M1/40‑141 (MQ=255) aaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTaa > 1:436622‑M1/39‑141 (MQ=255) aaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTaa > 3:140700‑M1/39‑141 (MQ=255) 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atactatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCa > 1:479717‑M1/21‑141 (MQ=255) cGCATTTATGCCGATAAAATTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAA < 1:513742‑M1/141‑1 (MQ=255) actatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAAt > 2:231357‑M1/19‑141 (MQ=255) actatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAAt > 3:59765‑M1/19‑141 (MQ=255) ctatttattccaattgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa > 1:805450‑M1/18‑141 (MQ=255) ttattccaattgcTTTAGTGACGTTGAG‑‑‑CCTCGGAACCCTTAACTAAACTTGCAGGCGAACGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 4:113943‑M1/14‑141 (MQ=255) aaattataaaaaaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGc < 2:378125/134‑1 (MQ=14) aaaaaaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGa < 1:642047/141‑1 (MQ=31) ttgcTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGAATAGCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAAt > 3:96067‑M1/5‑141 (MQ=255) gcaattTATTGGTGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAAT < 1:313514‑M1/139‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAAT < 2:597940‑M1/141‑1 (MQ=255) aaaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGCCCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATA > 2:988214‑M1/1‑141 (MQ=255) aaaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATA > 1:384283‑M1/1‑141 (MQ=255) aaaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATA > 2:785025‑M1/1‑141 (MQ=255) aaTTTATTGATGTTGAG‑‑‑AA‑‑‑GAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAA > 3:151715‑M1/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |