New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 1946 | 2408 (0.870) | intergenic (+179/+147) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 2841 total aligned reads displayed.
TTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAA > NC_012417/1806‑2082 | ttCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGaaaa < 2:841216/141‑1 (MQ=255) tcgcacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGGCGCATTTATGCCGAGAAAAt < 1:489798/138‑1 (MQ=255) cacaCTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt < 1:738153‑M2/141‑3 (MQ=255) cacTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAttta < 1:779796‑M2/141‑5 (MQ=255) ttttttttaTTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtttattga > 1:22117‑M2/2‑133 (MQ=255) gTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtttattga > 1:576651‑M2/1‑133 (MQ=255) ttttATTCTTATTGGTGTTGTTGCTTAGTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAACAATATGATTATCAAAAAAAAAAAAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt < 2:712601/141‑1 (MQ=255) ttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt < 1:304109/141‑1 (MQ=255) ttttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGtt > 1:384598/1‑141 (MQ=255) ttATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTga < 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aacgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc > 3:340901/2‑141 (MQ=25) acgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACg < 1:250299/141‑1 (MQ=35) cgacgCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGt < 4:100175/141‑1 (MQ=33) cATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAATCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa < 2:765680/141‑1 (MQ=17) cATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATa < 4:51213/141‑1 (MQ=32) aTTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa < 3:426664/141‑1 (MQ=32) ttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAg > 4:3272/1‑141 (MQ=32) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTTATAAGAACCCTTAAC‑‑TACACTTGCAGACGCATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 2:363298/1‑141 (MQ=255) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCa > 4:351563/1‑141 (MQ=32) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAc < 1:194468/38‑1 (MQ=255) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGATCTTAAGCCCACCATTAGACAAGTCTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGCGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTgg > 3:220052/1‑141 (MQ=11) agaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGa > 3:270200/1‑141 (MQ=31) | TTCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC‑‑TAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAA > NC_012417/1806‑2082 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |