New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2419897 | 90 (1.190) | 5 (0.080) | 4/228 | NT | 5.5% | intergenic (+65/‑172) | USA300HOU_RS12460/ssaA2_3 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2419903 | 92 (1.390) | intergenic (+71/‑166) | USA300HOU_RS12460/ssaA2_3 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATTCACAATTATTGCGTGTGTCAAATATTATAATGGCCAAGAATATATAATACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTGTAACTTTGACTAATTTT‑TATTACAAAATTAGTCAAAGTTTTTTTATTCTTTTACAAATCAATAACATTCCCCACAAGAAGCATTAATTTTGTTAAAGTAACTATTGTCATCAATTCGAGATGTGAGAATAAAACAGTCGCTACGTTTTATTTATAA > USA300TCH1516_ALE/2419757‑2420036 | aTTCACAATTATTGCGTGTGTCAAATATTATAATGGCCAAGAATATATAATACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTTTAACTTTGACTAATTTT > 2:679632‑M1/1‑141 (MQ=255) acaaaaTTATTGCGTGTGTCAAATATTATAATGGCCAAGAATATATAATACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTATAACTTTTACTAAtttt‑tt > 2:375775/5‑140 (MQ=255) cacaATTATTGCGTGTGTCAAATATTATAATGGCCAAGAATATATAATACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTGTAACTTTGACTAATTTt‑tat > 1:720700/1‑141 (MQ=255) cacaATTATTGCGTGTGTCAAATATTATAATGGCCAAGAATATAAAATACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAATTATTTCCTATTAATTAACTATTAAATTCATTATAATTTAGACTAATTTt‑tat > 1:307447/1‑141 (MQ=255) 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2:491478/1‑141 (MQ=255) tt‑tATTACAAAATTAGTCAAAGTTTTTTTATTCTTTTACAAATCAATAACATTCCCCACAAGAAGCATTAATTTTGTTAAAGTAACTATTGTCATCAATTCGAGATGTGAGAATAAAACAGTCGCTACGTTTTATTTATaa < 2:910052/141‑1 (MQ=255) tgtaataaaaattagtcaaagttacaatgagattaacagataattaataggaaatatttatttgtaatatgtttaaataaatcgaattgttaaaggtattatatattcttggccattataatatttgacacacgcaataat < 1:347091‑M1/141‑141 (MQ=255) | ATTCACAATTATTGCGTGTGTCAAATATTATAATGGCCAAGAATATATAATACCTTTAACAATTCGATTTATTTAAACATATTACAAATAAATATTTCCTATTAATTATCTGTTAATCTCATTGTAACTTTGACTAATTTT‑TATTACAAAATTAGTCAAAGTTTTTTTATTCTTTTACAAATCAATAACATTCCCCACAAGAAGCATTAATTTTGTTAAAGTAACTATTGTCATCAATTCGAGATGTGAGAATAAAACAGTCGCTACGTTTTATTTATAA > USA300TCH1516_ALE/2419757‑2420036 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |