New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1217693 | 54 (0.620) | 3 (0.040) | 3/264 | 7.3 | 5.4% | intergenic (+22/‑415) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1217729 | 56 (0.730) | intergenic (+58/‑379) | USA300HOU_RS06060/USA300HOU_RS06065 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
AAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTG > USA300TCH1516_ALE/1217581‑1217876 | aaaaCATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAACGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTACATAACCGCCTCCGAATAATAc > 1:720197/1‑149 (MQ=255) aaaCATATAAAAAATAAAACAACTCTAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATATAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACa > 2:335717/1‑149 (MQ=255) aaCATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaa < 1:740773/149‑1 (MQ=255) cATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTCAGTTAAACAAGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACaacc < 2:35355/149‑3 (MQ=255) aaaatgaaaaaaaaaaCAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTATAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAac < 2:35232/143‑1 (MQ=255) aaaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGTTTTATTTAAACATGTAAAGGATACATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAATCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAACATTACAAACACTATAg < 2:686679/149‑1 (MQ=255) aaaaTAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAg > 1:741782/1‑149 (MQ=255) aaaaTAAAACAACTAAAGATCATAATGATGATTTATATAAACCTGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAg < 2:745314/149‑1 (MQ=255) aaaCAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTtta < 2:203484/149‑1 (MQ=255) aaaCAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTtta > 2:735531/1‑149 (MQ=255) aacTATAGATGATGAGGATGATTTATTTAAACATGTAATGGATATATTACGGAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTtattat < 2:105364/149‑1 (MQ=255) aacTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTtattat > 1:132546/1‑149 (MQ=255) aacTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTtattat < 2:55925/149‑1 (MQ=255) acTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTACAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGACTATTACAAACACTACAGCttttttgttt > 1:284785/1‑143 (MQ=255) aaTCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATaaaaa < 1:205336/148‑1 (MQ=255) tAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATtta > 1:804489/1‑149 (MQ=255) gatgatTTATTTAAACACCCAATTGATATAGTACGTAAACAAGAACAAACTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAg < 1:250197/149‑1 (MQ=255) gatgatCTATTTAAACATTTAAAGGATATATTACGTAAACATGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAg < 2:133173/149‑1 (MQ=255) atttatttAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGa < 1:830173/149‑1 (MQ=255) tttatttaAACATGAAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTAAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGAt < 1:713572/149‑1 (MQ=255) tatttaAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATaa < 1:671222/149‑1 (MQ=255) aaaCATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTAAGGCGATTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAAc < 1:440944/149‑1 (MQ=255) aaCATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACt < 2:805689/149‑1 (MQ=255) tGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTttat > 2:785425/1‑149 (MQ=255) aaaGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTaa > 1:831736/1‑149 (MQ=255) ggATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAAt > 2:460983/1‑149 (MQ=255) aatatatTACGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATc < 2:111681/148‑1 (MQ=255) atatatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc < 1:728311/149‑1 (MQ=255) atatatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcc < 1:76309/149‑1 (MQ=255) tatatTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcca < 1:426500/149‑1 (MQ=255) tatTACCTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGTGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaac < 1:123967/149‑1 (MQ=255) ttACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTGTTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATacaacca > 2:634808/1‑149 (MQ=255) ttACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATcaaacca > 2:903650/1‑149 (MQ=255) tACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATccaaccaa > 1:652235/1‑149 (MQ=255) aCGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAAt > 2:874558/1‑149 (MQ=255) aCGTAAACAAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAAt < 2:462953/149‑1 (MQ=255) gTAAACAACAACAAATATAAAAACAAAAAAACTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTa < 2:589741/149‑1 (MQ=255) aCAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAAGTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGaa > 2:583917/1‑149 (MQ=255) aaaaaCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATa < 2:804489/146‑1 (MQ=255) aaCAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATGAAAAATTGATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGa > 1:687958/1‑149 (MQ=255) aaaaaCAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCACCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGa < 1:351161/149‑1 (MQ=255) aaCAAAAAATCTCTTGTGTTGAATATCCGCGGCTGCTTAACCGCATCCTAATATTACAAACACTATAGCTTTAATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTa < 2:855850/149‑1 (MQ=255) agaGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATca < 1:266631/147‑1 (MQ=255) taGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATcac < 1:903745/149‑1 (MQ=255) ttAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATaaccacatt > 1:802618/1‑143 (MQ=255) ttAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATg > 2:441766/1‑149 (MQ=255) ttAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATg > 2:442003/1‑149 (MQ=255) tCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTCGCGGATAATTAACTTTATTAAACTCCAACCAATCCAGAATACGAGTACTCGGACCAATCCTGGAACCACATAATgcaccac > 2:31650/1‑143 (MQ=255) cAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATa > 1:335035/1‑149 (MQ=255) cAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAAAATa > 1:863402/1‑149 (MQ=255) cAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATACAAACAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATAACATAATGTacatta > 2:460133/1‑144 (MQ=255) ctgctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTcc < 2:349102/149‑1 (MQ=255) gctTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCcct < 1:903736/149‑1 (MQ=255) tAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCcctcct < 1:827104/149‑1 (MQ=255) aCCGAATCCGAATATTACAAACACTAAAACATATATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCttt < 2:741782/149‑1 (MQ=255) cATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACt < 2:282682/149‑1 (MQ=255) aTCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATCCCATCAAAAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt < 1:879482/149‑1 (MQ=255) aTCCGAATATTACAAACACTATAGCTATTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCGAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTTGAATCACATAATGTAACATAGCGTGCCTCCTTTAACtt < 1:684686/149‑1 (MQ=255) aTCCGAAAATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtt < 2:156257/149‑1 (MQ=255) tatTACTAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatttta < 2:27590/149‑1 (MQ=255) tatTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatttta < 1:294438/149‑1 (MQ=255) tatTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatttta < 1:799202/149‑1 (MQ=255) aatTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACttaatttta < 2:747364/148‑1 (MQ=255) tACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGGAATAGGACTAATACTGGAATCACAAAATGTAACAAAACGTCCCCCCTTTAACgtaatttgaatt > 2:26132/1‑149 (MQ=255) aCAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACtaaattttaattt > 2:57470/1‑148 (MQ=255) | AAAACATATAAAAAATAAAACAACTATAGATCATAATGATGATTTATTTAAACATGTAAAGGATATATTACGTAAACAAGAACAAATTTAAAAACAAAAAAGCTATAGTGTTTAATATCAGGGGCTGCTTAACCGCATCCGAATATTACAAACACTATAGCTTTTATTATATAAAAAATTTATTAGCGGATAATTAACTTTATTAAAATCCAACCAATTAAGAATACGAGTAATAGGACTAATACTGGAATCACATAATGTAACATAACGTCCCTCCTTTAACTTAATTTTAATTG > USA300TCH1516_ALE/1217581‑1217876 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |