Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	886513	886577	65	2 [0]	[1] 2	USA300HOU_RS04345	hypothetical protein

TTCGTAATTGTTCTGCCGTGCATAATTAATAATGAAATTAATGAGCTCGCTATTAATCGATTTATCGTTATTAGTAACAAAGTTGTATTTAATTAATGATTTATGTTCTTTTCCAACGTATCGAATTTGTTCTAAGGCAGC  >  USA300TCH1516_ALE/886372‑886512                                                                                                                                             | ttCGTAATTGTTCTGCCGTGCATAATTAATAATGAAATTAATGAGCTCGCTATTAATCGATTTATCGTTATTAGTAACAAAGTTGTATTTAATTAATGATTTATGTTCTTTTCCAACGTATCGAATTTGTTCTAAGGCAGc  <  1:51904/141‑1 (MQ=255) ttCGTAATTGTTCTGCCGTGCATAATTAATAATGAAATTAATGAGCTCGCTATTAATCGATTTATCGTTATTAGTAACAAAGTTGTATTTAATTAATGATTTATGTTCTTTTCCAACGTATCGAATTTGTTCTAAGGCAGc  <  1:57554/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             | TTCGTAATTGTTCTGCCGTGCATAATTAATAATGAAATTAATGAGCTCGCTATTAATCGATTTATCGTTATTAGTAACAAAGTTGTATTTAATTAATGATTTATGTTCTTTTCCAACGTATCGAATTTGTTCTAAGGCAGC  >  USA300TCH1516_ALE/886372‑886512

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑