Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	1264139	1264179	41	2 [1]	[1] 2	lytN_1	putative cell wall hydrolase LytN

AGCTGAACCTGGGGACTTAGTGGTTTTTAGTGGAAGATTTGGTGGAGGATATGGTCATACAGCTATTGTCTTAAATGGTGATTATGATGGAAAATTAATGAAGTTCCAAAGTTTAGATCAAAACTGGAATAATGGTGGATGGCGTAAAGCAGAGGTTGCACA  >  USA300TCH1516_ALE/1263998‑1264159                                                                                                                                             |                      aGCTGAACCTGGGGACTTAGTGGTTTTTAGTGGAAGATTTGGTGGAGGATATGGTCATACAGCTATTGTCTTAAATGGTGATTATGATGGAAAATTAATGAAGTTCCAAAGTTTAGATCAAAACTGGAATAATGGTGGATg                       >  2:61856/1‑141 (MQ=255)                      ggTTTTTAGTGGAAGATTTGGTGGAGGATATGGTCATACAGCTATTGTCTTAAATGGTGATTATGATGGAAAATTAATGAAGTTCCAAAGTTTAGATCAAAACTGGAATAATGGTGGATGGCGTAAAGCAGAGGTTGcaca  >  1:49270/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                             |                      AGCTGAACCTGGGGACTTAGTGGTTTTTAGTGGAAGATTTGGTGGAGGATATGGTCATACAGCTATTGTCTTAAATGGTGATTATGATGGAAAATTAATGAAGTTCCAAAGTTTAGATCAAAACTGGAATAATGGTGGATGGCGTAAAGCAGAGGTTGCACA  >  USA300TCH1516_ALE/1263998‑1264159

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑