Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	1794518	1794554	37	2 [1]	[1] 2	USA300HOU_RS08960	hypothetical protein

ATATATCACAGCTAAAACTAGTGATGCACCTTTAATAAAATTAACATTGATTGACTTATATTTCCGAAATTCTTTTAATAAAATAATTAAAATGATTACATGTATCGTATAAACAATCAAAAAATTACCTGGTTCTATTGGA  >  USA300TCH1516_ALE/1794377‑1794518                                                                                                                                             |  atatatCACAGCTAAAACTAGTGATGCACCTTTAATAAAATTAACATTGATTGACTTATATTTCCGAAATTCTTTTAATAAAATAATTAAAATGATTACATGTATCGTATAAACAATCAAAAAATTACCTGGTTCTATTgg   >  2:6963/1‑141 (MQ=255)  tatatCACAGCTAAAACTAGTGATGCACCTTTAATAAAATTAACATTGATTGACTTATATTTCCGAAATTCTTTTAATAAAATAATTAAAATGATTACATGTATCGTATAAACAATCAAAAAATTACCTGGTTCTATTGGa  >  1:64070/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                             |  ATATATCACAGCTAAAACTAGTGATGCACCTTTAATAAAATTAACATTGATTGACTTATATTTCCGAAATTCTTTTAATAAAATAATTAAAATGATTACATGTATCGTATAAACAATCAAAAAATTACCTGGTTCTATTGGA  >  USA300TCH1516_ALE/1794377‑1794518

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑