Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	1844887	1845007	121	2 [1]	[1] 2	isdH	Iron‑regulated surface determinant protein H

TAAATTAATTGCTTTCACATTGTCTACAAAGTTAATCATACATATGCTATATTTAGTTAATTATTTAGATTCTTTTCTGAATTTAGGAATGAATAAAGCTAACATACCTAATAACGCATATAAGCCCCACCATGATTGGCTTG  >  USA300TCH1516_ALE/1844746‑1844888                                                                                                                                             |   taAATTAATTGCTTTCACATTGTCTACAAAGTTAATCATACATATGCTATATTTAGTTAATTATTTAGATTCTTTTCTGAATTTAGGAATGAATAAAGCTAACATACCTAATAACGCATATAAGCCCCACCATGATTGGCt    <  1:59665/141‑1 (MQ=255)   aattaattGCTTTCACATTGTCTACAAAGTTAATCATACATATGCTATATTTAGTTAATTATTTAGATTCTTTTCTGAATTTAGGAATGAATAAAGCTAACATACCTAATAACGCATATAAGCCCCACCATGATTGGCTTg  <  1:27918/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |   TAAATTAATTGCTTTCACATTGTCTACAAAGTTAATCATACATATGCTATATTTAGTTAATTATTTAGATTCTTTTCTGAATTTAGGAATGAATAAAGCTAACATACCTAATAACGCATATAAGCCCCACCATGATTGGCTTG  >  USA300TCH1516_ALE/1844746‑1844888

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑