Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	1986540	1986603	64	3 [1]	[0] 2	[USA300HOU_RS09895]	[USA300HOU_RS09895]

TTTAATTGAGCAATTTATGATTAAAACGTTTTCATAATTTGAAATAAAAATACACTAATCGCACGTGTTCACCCTTTATTACAGTGATACGGTCATACGATTAGTGTGTTATCTATCATTATTTAGTTATTATTGAACTAAGTTTAATTACGATACTTTGTTTTAGTAGCTTCAACC  >  USA300TCH1516_ALE/1986399‑1986575                                                                                                                                             |                                     tttaattGAGCAATTTATGATTAAAACGTTTTCATAATTTGAAATAAAAATACACTAATCGCACGTGTTCACCCTTTATTACAGTGATACGGTCATACGATTAGTGTGTTATCTATCATTATTTAGTTATTATTGAACTaa                                      <  2:19220/141‑1 (MQ=255) tttaattGAGCAATTTATGATTAAAACGTTTTCATAATTTGAAATAAAAATACACTAATCGCACGTGTTCACCCTTTATTACAGTGATACGGTCATACGATTAGTGTGTTATCTATCATTATTTAGTTATTATTGAACTaa                                      <  2:48317/141‑1 (MQ=255)                                     aTTTGAAATAAAAATACACTAATCGCACGTGTTCACCCTTTATTACAGTGATACGGTCATACGATTAGTGTGTTATCTATCATTATTTAGTTATTATTGAACTAAGTTTAATTACGATACTTTGTTTTAGTAGCTTCAAcc  <  2:40985/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                     TTTAATTGAGCAATTTATGATTAAAACGTTTTCATAATTTGAAATAAAAATACACTAATCGCACGTGTTCACCCTTTATTACAGTGATACGGTCATACGATTAGTGTGTTATCTATCATTATTTAGTTATTATTGAACTAAGTTTAATTACGATACTTTGTTTTAGTAGCTTCAACC  >  USA300TCH1516_ALE/1986399‑1986575

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑