Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	610969	611200	232	2 [1]	[1] 3	azo1	FMN‑dependent NADPH‑azoreductase

AGTGAATTCCAATTACGAGCAAGATTATTTGTCGATCAAATTGTATCTTTTGTGAATAATAGTCCATATGAACATTTAAAATAATATTAAAAAATATGTAAATATACATTAAAAATAGGTATGTAGCTTAAGGTATTTCATTGAGAATGCTTTTAAGTCACATGCCT  >  USA300TCH1516_ALE/611175‑611341                           |                                                                                                                                             aGTGAATTCCAATTATTAGCAATATGATTGCGCTTTCAAATTGTATCTTTTATGATTAATAGTCCATATGAACATTTAAAATAATATTAAAAAATATGTAAATATACATTAAAAATAGGTATGTAGCTTAAGGTATTTCAt                            <  1:13065/141‑1 (MQ=255)                           attTGTCGATCAAATTGTATCTTTTGTGAATAATAGTCCATATGAACATTTAAAATAATATTAAAAAATATGTAAATATACATTAAAAATAGGTATGTAGCTTAAGGTATTTCATTGAGAATGCTTTTAAGTCACATGCCt  >  2:34975/1‑141 (MQ=255)                           attTGTCGATCAAATTGTATCTTTTGTGAATAATAGTCCATATGAACATTTAAAATAATATTAAAAAATATGTAAATATACATTAAAAATAGGTATGTAGCTTAAGGTATTTCATTGAGAATGCTTTTAAGTCACATGCCt  >  2:58188/1‑141 (MQ=255)                           |                                                                                                                                             AGTGAATTCCAATTACGAGCAAGATTATTTGTCGATCAAATTGTATCTTTTGTGAATAATAGTCCATATGAACATTTAAAATAATATTAAAAAATATGTAAATATACATTAAAAATAGGTATGTAGCTTAAGGTATTTCATTGAGAATGCTTTTAAGTCACATGCCT  >  USA300TCH1516_ALE/611175‑611341

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑