| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2664 = | 639 (1.170) | 5 (0.010) | 5/272 | 42.7 | 0.69% | coding (11/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2715 = | 828 (1.560) | intergenic (‑41/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 848 total aligned reads displayed.
CTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTT > NC_012417/2575‑2855 | aaTTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaatataatat < 2:39179/141‑1 (MQ=255) aaTTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaatataatat > 1:278096/1‑141 (MQ=255) aTTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATAtt < 1:100796/141‑1 (MQ=255) aaaaTCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAAc > 1:32572/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATaaa > 2:176931/1‑141 (MQ=255) gACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATaaaaa > 2:152536/1‑141 (MQ=255) gACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATaaaaa < 1:174712/141‑1 (MQ=255) aCCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAAc > 1:13346/1‑141 (MQ=255) ccATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTTTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACa > 2:196780/1‑141 (MQ=255) ccATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCaata > 2:134946/1‑120 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAatat > 2:221953/1‑141 (MQ=255) tAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGa > 1:256618/1‑141 (MQ=255) aaaaTACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGaa < 2:192513/141‑1 (MQ=255) aaaTACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAAt > 2:180885/1‑141 (MQ=255) aTACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATaa > 1:82217/1‑141 (MQ=255) tACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAg > 2:227138/1‑141 (MQ=255) tACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAg > 2:164073/1‑141 (MQ=255) aCTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGt > 1:283802/1‑141 (MQ=255) cTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGtt > 1:265802/1‑141 (MQ=255) cTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGtt > 2:125623/1‑141 (MQ=255) ttAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGttt > 1:138648/1‑141 (MQ=255) 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1:196419/1‑141 (MQ=255) tcttAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAttattttat > 2:53251/1‑141 (MQ=255) tcttAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAttattttat > 1:158961/1‑141 (MQ=255) aGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATTAGTTTTTTTAATTTTTGTTTATTTtattata > 2:260381/1‑140 (MQ=255) aGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATc > 2:62646/1‑141 (MQ=255) ataCTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTatt > 1:86574/1‑141 (MQ=255) 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2:9439/141‑1 (MQ=255) cccTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATGTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTAtt > 1:212413/1‑141 (MQ=255) cccTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTAtt > 2:173314/1‑141 (MQ=255) cccTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTGTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTAtt > 1:274560/1‑141 (MQ=255) ccTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTAttt > 1:26153/1‑141 (MQ=255) ccTTGTTTTGTTATATAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTNAATTCGATTTTAttt < 2:77977/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttttgttATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATaa > 1:229109/1‑141 (MQ=255) ttttgttATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATaa > 1:41174/1‑141 (MQ=255) ttttgttATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATaa > 2:183675/1‑141 (MQ=255) tATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCttt < 1:53580/141‑1 (MQ=255) aTGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACttt > 2:68285/1‑141 (MQ=255) tGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACtttt < 1:127537/141‑1 (MQ=255) gAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTCTTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACttttt < 2:264977/141‑1 (MQ=255) gAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACttttt < 1:244047/141‑1 (MQ=255) aTTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATCTGCATAAGTTTTTTTAATTTTTGATCATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTTGATTTTATTTGCTAATATTTTTGACTTTCTAg > 2:157616/1‑141 (MQ=255) aTTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTGTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAg > 1:145496/1‑141 (MQ=255) | CTTTGAAATTAAAATCCAAGACCATTGAAAGTATGGTTAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGATTATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTT > NC_012417/2575‑2855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |