Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC | USA300TCH1516_ALE | 1,747,374 | Δ3 bp | 52.7% | coding (2073‑2075/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 ← | Heme uptake protein MmpL11 |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1747377 = | 52 (0.370) | 54 (0.410) | 50/242 | NT | 52.7% | coding (2072/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1747373 | 48 (0.370) | coding (2076/2280 nt) | USA300HOU_RS08710 | Heme uptake protein MmpL11 |
CAATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747524‑1747377 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAAT < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747234 CAATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTG < 2:473203/141‑1 AATCTTAACGTTTGACAGTTTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATAGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGT < 3:155023/141‑1 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ACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATAC > 1:179499/1‑141 ACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATAC < 1:231176/141‑1 CCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACT > 2:645760/1‑141 TGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGATAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATT < 2:420848/141‑1 GTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTC > 1:176778/1‑141 TACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATAGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 3:133832/141‑1 CGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTC > 1:433210/1‑141 GTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCG > 1:229304/1‑141 GAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGT < 2:1054298/141‑1 ACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTC < 4:382665/141‑1 ACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTC > 1:762838/1‑141 TTACAAAAGGTGAAAGGGATTACGACAACAGAACAAGTTGGTGATATCGTTGATAGAGCAATTAGACAGACAAGGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCa < 1:1133959/141‑2 AAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGAT > 2:37737/1‑141 AAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATA > 1:90926/1‑141 GTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTC > 1:154317/1‑141 TAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAA > 2:1110477/1‑141 aacGTGATTACGACGACAGCACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTAGTAGCAGTTTTTGTAGTATTTCCTTTACTATATTTCGGTGCTCCTACGATATTCCAC < 4:49259/138‑1 AAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACT < 3:388687/141‑1 AAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAAAGAGACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACT > 2:85087/1‑141 ATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACT > 2:1111655/1‑141 TTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACATACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTT < 3:129882/141‑1 ACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTA > 2:147681/1‑141 AGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATT < 1:942358/141‑1 ACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTAT < 2:1091246/141‑1 AAATTGATGATATCGTAAATAGGCCAATTAGCCAGACAATGACACGTTCAATTAATACCGTATTGACAGGCATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCCACTTTACTTTAGCATTATTTATCG > 2:491842/1‑141 AATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGG < 1:399086/141‑1 TTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGCATCCACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGAT < 1:622324/141‑1 GATGATATCGTTAATGGATCAATTAGACAGACACTGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATTGGATTG < 2:889040/141‑1 GATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTG < 1:824387/141‑1 ATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTT > 3:91368/1‑141 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CAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTAT < 4:469033/141‑1 TAATACAGTCTTAACAGATATTGTAGTATTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTATGTTGTATTCACTTCAATCTTCATTAACGTTCCGCTATGGGG > 1:1050042/1‑141 TAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGG < 1:1063222/141‑1 AATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGA < 3:176793/141‑1 ATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATGCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAA < 2:610828/141‑1 GTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATG > 2:584412/1‑141 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAAT < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747234 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |