| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1929987 = | 132 (0.940) | 7 (0.060) | 7/232 | NT | 5.8% | intergenic (‑323/+547) | USA300TCH1516_01793/USA300HOU_RS09600 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1930020 = | 107 (0.850) | intergenic (‑356/+514) | USA300TCH1516_01793/USA300HOU_RS09600 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AATTTGACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1930138‑1929987‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagtgaggggattGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATATCC > USA300TCH1516_ALE/1930020‑1930159 AATTTGACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTA > 1:917028/1‑141 TTGACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTCCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTG < 2:780322/141‑1 TGACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATACCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGA > 3:3985/1‑141 GACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAG < 4:434888/141‑1 GACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAG > 3:461864/1‑141 GACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCGCGTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAG > 2:653976/1‑141 ACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGG > 3:233621/1‑141 ACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGG > 2:661758/1‑141 ACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGG > 2:999491/1‑141 ACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGG > 3:285852/1‑141 CATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGG > 4:50726/1‑141 CATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAAT‑CCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGG < 2:845247/141‑1 ATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGG < 2:1054831/141‑1 ATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGG > 2:334669/1‑141 ATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGG < 3:73304/141‑1 ATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGG < 3:78973/141‑1 TAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGGA < 4:9782/141‑1 GAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGGATT > 1:544973/1‑141 aaaaatTTGCATAAATTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACGATTCCCCTCACTACCGCA‑AATGGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTC < 4:259078/135‑1 AAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTACCGCA‑AATAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTT < 1:388472/141‑1 TTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTA‑CCGCAAATAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGG < 1:576608/141‑1 TAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTACCGCA‑AATAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGT < 3:177210/141‑1 TCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTA < 2:576608/141‑1 TTTGC‑GGTAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGG > 2:303575/1‑141 TTGC‑GGTAGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGA > 4:87093/1‑141 AGTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGC < 2:571868/141‑1 GTGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCG > 3:112953/1‑141 TGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGT < 1:556308/141‑1 TGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGT < 4:379049/141‑1 TGAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGT < 1:69225/141‑1 GAGGGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTT > 1:1070920/1‑141 AGGGGAGTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAAAATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTC < 2:369064/141‑1 GGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAA < 1:457034/141‑1 GGGATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAA < 1:1033037/141‑1 GATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACAAAAAGAAAAAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATA < 4:459836/141‑1 ATTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATAT < 1:444417/141‑1 TTGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATATC > 2:284858/1‑141 TGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATATCC > 2:550197/1‑141 AATTTGACATAGAGCCTTTTTTAGTTCTTGATGTTTCTCTTTAAAACCTTGCATATTTTACAAAAAGAAAAATTAGCAGTATAATTAAGACAACGAAAATAAGTATTTACTTATACACCAATCCCCTCACTATTTGC‑GGTAGTGAGGGGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1930138‑1929987‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagtgaggggattGGTGTATAAGTAAATACTTATTTTCGTTGTCTTAATTATACTGCTAATTTTTCTTTTTGTAAAATATGCAAGGTTTTAAAGAGAAACATCAAGAACTAAAAAAGGCTCTATGTCAAATTGGACTGATGCGTTCAATATCC > USA300TCH1516_ALE/1930020‑1930159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |