| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2679162 = | 153 (1.090) | 8 (0.060) | 6/246 | NT | 5.2% | intergenic (+34/‑355) | USA300HOU_RS13790/ssaA2_4 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2679186 = | 147 (1.100) | intergenic (+58/‑331) | USA300HOU_RS13790/ssaA2_4 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 | |||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
GTGAAATATTGTCATATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATC > USA300TCH1516_ALE/2679022‑2679302 | tGAAATATTGTCATATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTa < 2:1094629/141‑1 (MQ=255) gtgatacaaggatgtcaggattgattaacagcggatattagtgggaaaatataaaatgatttaaaaaaaaggtacatggttctataactgaaagaaaatagcaatcacaatatactaaatgtagcaataacattaaaaaTa < 1:344313‑M1/2‑1 (MQ=255) tgatacaaggatgtcaggattgattaacagcggatattagtgggaaaatataaaatgatttaaaaaaaaggtacatggttctataactgaaagaaaatagcaatcacaatatactaaatgtagcaataacattaaaaaTAg < 2:1112674‑M1/3‑1 (MQ=255) aaTATTGTCATATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAgcg > 2:706560/1‑141 (MQ=255) tacaaggatgtcaggattgattaacagcggatattagtgggaaaatataaaatgatttaaaaaaaaggtacatggttctataactgaaagaaaatagcaatcacaatatactaaatgtagcaataacattaaaaaTAgcgc < 2:181093‑M1/6‑1 (MQ=255) atatTGTCATATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAgcgc > 2:372936/1‑141 (MQ=255) tGTCATATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCCCTg < 2:211978/141‑1 (MQ=255) ttgattaacagcggatattagtgggaaaatgtaaaatgatttaaaaaaaaggtacatggttctataactgaaagaaaatagcaatcacaatatactaaatgtagcaataacattaaaaaTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGgcgc > 1:987275‑M1/120‑141 (MQ=255) gAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGgcgc < 2:803592/141‑1 (MQ=255) gAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGgcgc < 2:288233/141‑1 (MQ=255) tgattaacagcggatattagtgggaaaatataaaatgatttaaaaaaaaggtacatggttctataactgaaagaaaatagcaatcacaatatactaaatgtagcaataacattaaaaaTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCt > 3:451195‑M1/119‑141 (MQ=255) aCAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTa > 1:759397/1‑141 (MQ=255) aaTCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTAttt > 3:275497/1‑141 (MQ=255) tCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGCGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTAttttt < 2:85094/141‑1 (MQ=255) ccATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTa < 1:271489/141‑1 (MQ=255) 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tctcAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACAtt < 2:656849/141‑1 (MQ=255) tctcAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACAtt > 1:778247/1‑141 (MQ=255) gTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGta > 2:671245/1‑141 (MQ=255) cTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATAtt > 1:1146688/1‑141 (MQ=255) cTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATAtt < 4:461993/141‑1 (MQ=255) tGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATtg < 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gCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTAtttt < 4:226230/141‑1 (MQ=255) gCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTAtttt > 4:135412/1‑141 (MQ=255) ccTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATCGTGATTGCTATtttct < 3:181730/140‑1 (MQ=255) cTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATtttctt > 1:1181631/1‑141 (MQ=255) aTCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATtttctttc > 1:1023074/1‑141 (MQ=255) aTCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATtttctttc < 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2:94104/141‑1 (MQ=255) aCATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGGTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATAttt > 3:468368/1‑141 (MQ=255) tGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTcc > 2:121224/1‑141 (MQ=255) aGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATCGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCACGTACCTTTTCTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCa > 2:413803/1‑141 (MQ=255) gTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACt < 2:223537/141‑1 (MQ=255) gTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACt < 1:706560/141‑1 (MQ=255) tCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTa < 2:145123/141‑1 (MQ=255) tCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTa < 3:491359/141‑1 (MQ=255) cacaTCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTaa > 4:306123/1‑141 (MQ=255) caataacattaaaaaTAGCGCCCTGCAAT‑CAGAGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCAttt < 1:556557‑M1/110‑1 (MQ=255) caataacattaaaaaTAGCGCCCTGCAAT‑CAGAGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCAttt > 2:556557‑M1/16‑125 (MQ=255) acaTCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGTGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAat < 1:493352/141‑1 (MQ=255) catcatCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAata > 1:627940/1‑141 (MQ=255) atcatcTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAatat < 2:441789/141‑1 (MQ=255) tcatcTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATc < 4:420345/141‑1 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc < 1:51283/141‑1 (MQ=255) tctcATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGc > 1:251175/1‑141 (MQ=255) tGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTa > 2:1152983/1‑141 (MQ=255) tGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTa > 2:902864/1‑141 (MQ=255) tGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTAAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTATTTCTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTa > 4:484659/1‑141 (MQ=255) gTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaa < 2:1048602/141‑1 (MQ=255) gTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaa < 2:514996/141‑1 (MQ=255) TAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatc > 1:500950‑M1/1‑141 (MQ=255) | GTGAAATATTGTCATATTTTCGAACAAATCCATGTCCTGAAAGCATCTCAGTACCTGTAATTAAACGGGCACTATCAGTTTTCAACCAATTCACAAATGTACAATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTG‑ATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTT‑TTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATC > USA300TCH1516_ALE/2679022‑2679302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |