| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2388283 = | 160 (1.140) | 7 (0.060) | 7/224 | NT | 5.1% | intergenic (+18/+84) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2388362 = | 121 (1.000) | intergenic (+97/+5) | ribZ_1/sarV | Riboflavin transporter RibZ/HTH‑type transcriptional regulator SarV | |||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
TCTTAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTTATAG > USA300TCH1516_ALE/2388222‑2388502 | tcttAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTaa > 2:203075/1‑141 (MQ=255)tcttAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTaa > 4:408346/1‑141 (MQ=255) cttAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCGATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAg < 1:99150/141‑1 (MQ=255) ttAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGt > 1:1083043/1‑141 (MQ=255) tAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGtt > 1:348657/1‑141 (MQ=255) aaTTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGttt < 2:1179624/141‑1 (MQ=255) aaTTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGttt > 2:816685/1‑141 (MQ=255) aTGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGt > 1:147296/1‑141 (MQ=255) aTGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGt < 4:436242/141‑1 (MQ=255) aTGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGt < 3:388627/141‑1 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tataTTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATc < 4:69743/141‑1 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCt > 1:281410/1‑141 (MQ=255) atatTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCt > 1:199166/1‑141 (MQ=255) atTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAAc < 2:914846/105‑1 (MQ=255) atTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTaa > 4:163855/1‑141 (MQ=255) ttCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAAc < 3:132737/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cccAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTGTTAAGCTTTTAGTTTGCAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCAt > 2:132934/1‑141 (MQ=255) cccAAGACGCAATGATGATGTACTGCTTGGCATGCTTTTTATGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATCTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCAt > 4:308994/1‑141 (MQ=255) cAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATcc < 1:514126/141‑1 (MQ=255) gACGCAATTATGATGTACTTATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGtt < 1:642370/141‑1 (MQ=255) aaTTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGa > 3:361374/1‑141 (MQ=255) tgatgaatagagattggcatgctttttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACg < 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tgctttttaAGTTTTTAGTTTTTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGctct < 3:50151‑M2/132‑1 (MQ=255) tgctttttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGctct > 2:580209‑M2/10‑141 (MQ=255) gctttttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCtt > 1:590604‑M2/9‑141 (MQ=255) ctttttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCttt < 1:305002‑M2/134‑1 (MQ=255) ttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTta > 1:482231‑M2/4‑141 (MQ=255) ttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTta > 2:360909‑M2/4‑141 (MQ=255) ttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTta > 2:297685‑M2/4‑141 (MQ=255) ttaAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTta > 1:1098277‑M2/4‑141 (MQ=255) taAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTtat < 1:45694‑M2/139‑1 (MQ=255) aAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTtata < 3:306473‑M2/140‑1 (MQ=255) aAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTtata > 1:823214‑M2/2‑141 (MQ=255) aGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTTATAg > 1:11416/1‑141 (MQ=255) | TCTTAATTCATGGACGTCATGTAACTAGAAATGCCATGAACTAAATATTTATATTCAAAAATAAAAAGCATGCCAATCTCTATTCATCATTTGTCTGTCCCCAAGACGCAATTATGATGTACTGATTGGCATGCTTTTTAAGTTTTTAGTTTGTAACGCTTAACACTTCTATTTCTTTAGTAATTTTATCTAACAATTTCTTTTGAGAAGTACTATAGAAATAGAATACTTGTCTTTCATCCGTTTCAGAACGCAATTTAGAAATAAGCTCTTTTTTATAG > USA300TCH1516_ALE/2388222‑2388502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |