| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2725 = | 941 (1.180) | 6 (0.010) | 4/250 | NT | 0.66% | intergenic (‑51/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– |
| ? | NC_012417 | 2752 = | 914 (1.190) | intergenic (‑78/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1119 total aligned reads displayed.
TAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGT > NC_012417/2612‑2892 | aaaaTACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGaa > 1:590406/1‑141 (MQ=255) aaaTACTTAAAGTTACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAAt < 2:685989/141‑1 (MQ=255) aCTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATTCCCCCTTATTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTTATATGAATATGt > 1:252340/1‑141 (MQ=255) cTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGtt > 1:356758/1‑141 (MQ=255) 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1:432674/1‑141 (MQ=255) ttGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTatttttaattt > 2:672829/1‑141 (MQ=255) aaTTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGTAGTTTAATATGAATAAGTTTGTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTatttttacttttta > 2:343190/1‑141 (MQ=255) aaTTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTatttttacttttta > 2:473059/1‑141 (MQ=255) aaTTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTatttttaatttttt > 2:159284/1‑140 (MQ=255) aTTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTAtttttaatttttaa > 1:101071/1‑141 (MQ=255) 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2:638024‑M2/6‑141 (MQ=255) tatgAATAAGTTTTTTTACTATTTGAT‑TATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAatttattt > 1:506360‑M2/5‑141 (MQ=255) aaTAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTAATATCTGTATTTTTAATTTTTAAATTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTCATTTATATAgta > 2:511263/1‑139 (MQ=255) | TAAAATACTTAAAGATACTACTAAAATCTTTCTTAGTGATATACTGTTTTGAATTGCATTCATTGTAAATGCCCCCTTGTTTTGTTATTTAAATGAATTCAATATAATATTAACATATAAAAACAAAGGAGTTTAATATGAATAAGTTTTTTTACTTTTTGAT‑TATTTTATTATCTGTATTTTTAATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGT > NC_012417/2612‑2892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |