New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 1986 | 2208 (1.190) | intergenic (+219/+107) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 557 total aligned reads displayed.
TTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATA > CP000731/2178‑2473 | tatatTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGtt > 2:308913/1‑149 (MQ=255) atatTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGttt > 1:600248/1‑149 (MQ=255) tatTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAGGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGCTGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCCTAGCGTGCGCTATTAAGCCGACCATTCCACAAGtttt > 2:240991/1‑149 (MQ=18) tatTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGATCATTCGACAAGtttt < 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aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTacac > 1:921137/1‑149 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGGGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTcaca < 2:352118/149‑1 (MQ=255) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGCCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATa > 1:726945/1‑149 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATac < 2:742063/149‑1 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccg > 1:66683/1‑149 (MQ=255) aGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGCGTTACGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACAccgccg < 1:532128/149‑1 (MQ=255) ggTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGc < 2:138493/148‑1 (MQ=255) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCCATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCACACTGCTTCACATACACCGCCGGc > 1:1000966/1‑149 (MQ=255) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGc > 1:245006/1‑149 (MQ=255) gTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCt < 1:360749/149‑1 (MQ=255) gTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCt > 2:643786/1‑149 (MQ=255) tGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCCCGACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTa > 1:868324/1‑149 (MQ=255) gggCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGTATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTAt < 2:626422/147‑1 (MQ=255) ttAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCACAATGCCAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGAtt < 1:1092314/149‑1 (MQ=37) aaGCCGACCATTTGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTa < 1:308913/149‑1 (MQ=255) aGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGAAAACTGCTTCACCTACACCGCCGGCTCTTGGATTTAc > 1:378631/1‑149 (MQ=255) cccaCCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTCCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGa < 2:715474/146‑1 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGc < 1:472371/149‑1 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGc < 1:117406/149‑1 (MQ=255) ccATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGc < 1:1021956/149‑1 (MQ=255) ttCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCATATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCa < 2:818443/149‑1 (MQ=255) | TTGGTTATATATTTCAGCTATTGTTTTTTATGAGGATAAATAAGGAACATCGTATTTATGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGAATAAAATCAACCTACAGAGCATCCAGCTGCAAATGCAGTTCCGCAAACTGCTTCACATACACCGCCGGCTATTGGATTTACGATTGCCCATA > CP000731/2178‑2473 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |