| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 4433 | 529 (1.070) | 91 (0.110) +TAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTC |
3/204 | 42.0 | 9.8% | intergenic (+398/‑67) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | = 2166 | 1912 (0.990) | coding (509/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 534 total aligned reads displayed.
CCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAATTTTATTAATATTTTTTG > CP000731/4285‑4581 | ccGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATaaa > 2:474438/1‑149 (MQ=32)ccGAAAAAATTTAGTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATaaa < 1:296344/149‑1 (MQ=17) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc < 1:336403/149‑1 (MQ=33) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc < 1:95126/149‑1 (MQ=33) aaaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGACGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc < 1:913227/149‑1 (MQ=18) aaaaaTTTATAGATTTTAAAAAGAACCCTTAACTAAATTTGCTGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGTCGACCATTTGAAAAGTTTTTTGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTTGAATaaattgt < 2:1005237/149‑5 (MQ=1) aaaaaTTGATTTATGTTGAGAATAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc < 2:597761/149‑1 (MQ=16) aaaaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACCAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAcc < 1:384937/149‑1 (MQ=18) aaTTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 1:179552/149‑1 (MQ=35) aTTTCTTGACGTTGGGAAGACCCCTTACCTAAGCTTGCGGAGGAAGGGCGGCATAGTGTGTGCTATTAAGCCGTCCATTCGAAAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTGAGCGTCAATAAAGCATTTGGAACAAAGCCCCTAt < 2:841354/149‑1 (MQ=11) ttATTGGTGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTGCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGa < 2:206881/149‑1 (MQ=255) ttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAACAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGa < 1:615864/149‑1 (MQ=38) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGat < 1:495300/149‑1 (MQ=38) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGat > 2:370609/1‑149 (MQ=38) tATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGat < 1:920958/149‑1 (MQ=38) tATTGATGTTAAGAAGAACCCATAACCAAACTTGCAGACGAAAGTCGGCATACCGTAACCTATCAAGCCGACCAATCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGat < 2:673846/149‑1 (MQ=11) tGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGattat < 2:795706/149‑1 (MQ=40) tGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTa > 1:100074/1‑149 (MQ=255) ttGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaa > 1:644647/1‑149 (MQ=255) gagaAGTACCCTTAACTAGACGTGCCGACGGAGGTCGGCATTGGCTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGAGAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGTGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaaa < 1:120101/149‑1 (MQ=14) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCCGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaaa < 1:77100/149‑1 (MQ=255) gagaAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaaa < 1:131863/149‑1 (MQ=255) gaagaaTCCTTAACTAAAATTGCAGACGAATGTCGGGAGGGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAATTTTTGGGTTTGTTAATGTTTCCGAGGTTTAACGTTAATAAAGTTATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAata < 2:518550/149‑1 (MQ=17) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAAta‑ta > 2:402803/1‑149 (MQ=255) agaaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAAta‑ta < 1:466095/149‑1 (MQ=255) aaCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGACGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCAGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAg > 2:611395/1‑149 (MQ=255) aCCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGGCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGGTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGt < 2:716477/149‑1 (MQ=255) aCCCTGAACTAAACTTGCAGATGAAGGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGt < 1:253081/149‑1 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAATGACCTTGGAGTAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTtat > 2:1063918/1‑149 (MQ=17) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTtat > 1:51561/1‑149 (MQ=255) cTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTtat < 1:1030369/149‑1 (MQ=255) aCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGGCAACCCTTCGACAAGTGTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCGATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAATTA‑TAAGTTataata > 2:126101/1‑149 (MQ=17) aCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTataata > 1:306871/1‑149 (MQ=255) aCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTataata > 1:968245/1‑149 (MQ=255) aCTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTataata > 1:684149/1‑149 (MQ=255) cTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTGTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTACGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATAc > 2:732227/1‑149 (MQ=255) aaCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACAtt > 2:81204/1‑149 (MQ=255) aCTTGTAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAGGTTTTGGGATTGTTGAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGGTTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATGCATTc > 2:575051/1‑149 (MQ=17) aCTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTc > 2:903363/1‑149 (MQ=255) 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aaaGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAAtt > 1:593431/1‑149 (MQ=255) aaGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAAttt < 2:959551/149‑1 (MQ=255) aaGCAATTGGAAGAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATTAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAAtt < 2:534541/149‑1 (MQ=255) cAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTAAAGCAGTTGATTTATTGGTAATTttat > 2:1013086/1‑149 (MQ=255) ggAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAATTTTATTAata > 2:929009/1‑149 (MQ=255) aaaaaGCACCTAAGATTAATTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAATTCTATTAATAttt < 2:644352/147‑1 (MQ=255) | CCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATA‑TAAGTTATAATACATTCAAAAATATTTTTGAATGAGGTGTATTATGATTCAAACGGTTGTTGCTGCTGCTGTTCTTTATATTGCTACAGCAGTTGATTTATTAGTAATTTTATTAATATTTTTTG > CP000731/4285‑4581 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |