| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 107 (1.040) | 4 (0.040) | 4/268 | 7.9 | 3.9% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 103 (1.110) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTATTTAAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTT > USA300TCH1516_ALE/715169‑715459 | tttatttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGttt > 2:1045381/1‑149 (MQ=255) ttatgtaAAACGTAACGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAGATAAATATAAAACGGACAAGTTTc < 2:610075/149‑1 (MQ=255) tatttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATGATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAAGTTAGGTTATTATAAAATAACTATAAAAAGAACAAGtttac > 2:571800/1‑147 (MQ=255) tatttaAAACGTACACAAGGCATTTCCACGACTATAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAACCGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCg < 1:677539/149‑1 (MQ=255) tttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGTTAAAGAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCa < 1:260883/149‑1 (MQ=255) tttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCa < 2:1070719/149‑1 (MQ=255) ttaAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGCCTTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg < 1:916859/149‑1 (MQ=255) ttaAAACGTACAGAAGGCATTTAGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATGTGGTAAAGATGCTAAAGGAATTGTATAGAGCTATCGATACGAACCGGTAACTTACCGTAAGTTATTATCGAATGAATAAGAAAAGGACGAGCTTcacaa > 2:593608/1‑148 (MQ=255) ttaAAACGGACAGAATGAATTTCTATGATTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATTTAACTATCGATACTATACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAg < 2:383430/149‑1 (MQ=255) taAAACGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATAAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑c < 2:716411/149‑1 (MQ=255) aaaaCGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAATAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTGTCGCAG‑Ct < 2:372232/149‑1 (MQ=255) aaaaCGTACAGAAGGCATTTCGACGAATAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAACATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑Ct < 2:842317/149‑1 (MQ=255) aaaaCGTAAAGAAGGTATTCAGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑Ct < 1:89446/149‑1 (MQ=255) aaaCGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑Ctt < 1:463773/149‑1 (MQ=255) aCGTACAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTta < 2:334330/149‑1 (MQ=255) cAGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATATAATAAATATAAAAATGACAAGTTTCACAG‑CTTTATAAtt > 1:329122/1‑148 (MQ=255) aGAAGGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTGTATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTGTATAAtgt > 2:837329/1‑149 (MQ=255) ggCATTTCGACGACTAAAATCAAACCAGAATTCTATGGTAAAGATGCTAAATAAATGATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTTACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCaa < 2:768259/149‑1 (MQ=255) 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aaaaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAACTTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGAACAAGTTTCGCAG‑CTTTATATTGTGCAATTTGTCCGatttata > 1:326352/1‑146 (MQ=255) aaaaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAg > 2:330892/1‑149 (MQ=255) aaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCATTTTTAGTa > 1:1070483/1‑149 (MQ=255) aaTCAAACAAGAATTAGATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTa < 1:770999/149‑1 (MQ=255) aaaCAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtt > 2:267953/1‑149 (MQ=255) aaataaTTATATGATAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCCATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTa < 2:304848/145‑1 (MQ=255) aaaGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCATCTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTa < 1:665980/148‑1 (MQ=255) aaTTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt > 2:540197/1‑149 (MQ=255) ttATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct < 2:124114/149‑1 (MQ=255) tatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATCGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTAGTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCTGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttt > 1:676487/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |