| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 715316 | 107 (1.040) | 4 (0.040) | 4/268 | 7.9 | 3.9% | intergenic (+74/+43) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 715335 | 103 (1.110) | intergenic (+93/+24) | tarD/dacA | Glycerol‑3‑phosphate cytidylyltransferase/D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase DacA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAACAG > USA300TCH1516_ALE/715189‑715483 | ggCATTTCGACGACTAAAATCAAACCAGAATTCTATGGTAAAGATGCTAAATAAATGATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTTACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCaa < 2:768259/149‑1 (MQ=255) gCATTTCGAAGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAAATATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAAAGGACAAGTTT‑GTAGACTTTATAATGTGCaaa > 2:214062/1‑148 (MQ=255) cgacTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGtt > 1:691617/1‑149 (MQ=255) gacTAAAATCAAAACAGAATTAAACGGTAAAAATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGCCCGttt < 2:395193/149‑1 (MQ=255) atAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGttttt < 2:221499/148‑1 (MQ=255) aaaaaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTa < 2:524937/148‑1 (MQ=255) aaaaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAACTTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGAACAAGTTTCGCAG‑CTTTATATTGTGCAATTTGTCCGatttata > 1:326352/1‑146 (MQ=255) aaaaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAg > 2:330892/1‑149 (MQ=255) aaTCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCATTTTTAGTa > 1:1070483/1‑149 (MQ=255) aaTCAAACAAGAATTAGATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTa < 1:770999/149‑1 (MQ=255) aaaCAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGtt > 2:267953/1‑149 (MQ=255) aaataaTTATATGATAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCCATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTa < 2:304848/145‑1 (MQ=255) aaaGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCATCTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTa < 1:665980/148‑1 (MQ=255) aaTTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAtttt > 2:540197/1‑149 (MQ=255) ttATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttct < 2:124114/149‑1 (MQ=255) tatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATCGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTAGTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCTGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttt > 1:676487/1‑149 (MQ=255) tatGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGGTTCGCAG‑CTTTATAAGGTGCAACTTGTNCGGNTNTAGAATGTTTTActttcgttt > 1:568444/1‑149 (MQ=255) ggTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGCAATATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGCTATTATCAAAAAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTAttttctttttct > 2:1052339/1‑149 (MQ=255) gTAAAGATTCTAAATAAATTATATAGAACTATCAATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATTCTAAACAAATTTTAATCCCAG‑CTTTTTAAATAACAACTTGTCCGTTTTTAGCATTATGTATTTTCTTTTTCta < 2:1068174/149‑1 (MQ=255) gTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCta > 2:1045812/1‑149 (MQ=255) gTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCta > 1:950497/1‑149 (MQ=255) aaGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaat > 2:119552/1‑149 (MQ=255) aGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCtaaata > 1:748924/1‑149 (MQ=255) 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aataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattg < 2:267496/149‑1 (MQ=255) ataaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattga < 1:330892/149‑1 (MQ=255) taaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACgattgat > 2:419208/1‑149 (MQ=255) aaatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAGCTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAGATAAACgattgatt > 1:1026847/1‑149 (MQ=255) aatTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTa < 1:888276/149‑1 (MQ=255) 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g‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACAtt > 1:911307/1‑148 (MQ=255) g‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATa > 1:407299/1‑149 (MQ=255) g‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTCTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACAtc > 1:742383/1‑148 (MQ=255) ataATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTCCCCACATACtttt < 1:1045812/149‑1 (MQ=255) taATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTa > 1:71545/1‑149 (MQ=255) tgtgCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCa < 1:754853/149‑1 (MQ=255) tgCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTGCCAAATCCGTGTAGCacc > 2:504187/1‑147 (MQ=255) tgCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACAACCAATGATAGAGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAAc > 1:969441/1‑149 (MQ=255) gCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATCTGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAACa > 2:456381/1‑149 (MQ=255) gCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAACa > 2:737389/1‑149 (MQ=255) cAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAACAg < 1:720718/149‑1 (MQ=255) cAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGGGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATGATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAAccg > 1:133396/1‑147 (MQ=255) | GGCATTTCGACGACTAAAATCAAACAAGAATTATATGGTAAAGATGCTAAATAAATTATATAGAACTATCGATACTAAACGATAAATTAACTTAGGTTATTATAAAATAAATATAAAACGGACAAGTTTCGCAG‑CTTTATAATGTGCAACTTGTCCGTTTTTAGTATGTTTTATTTTCTTTTTCTAAATAAACGATTGATTATCATATGAACAATAAGTGCTAATCCAGCGACAAGGCATGTACCACCAATGATAGTGAATAATGGATGTTCTTCCCACATACTTTTAGCAACAG > USA300TCH1516_ALE/715189‑715483 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |