BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512760

tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                             <  2:668907‑M1/2‑1 (MQ=255)

 cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagcacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa                                                                                                                                            <  2:540604‑M1/3‑1 (MQ=255)

 cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaacataaaaagctcaagctaaaca                                                                                                                                            <  2:111263‑M1/3‑3 (MQ=255)

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    gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAATTTGAATTACTAACGACAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                         >  2:616214/1‑141 (MQ=255)

    acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAg                                                                                                                                         <  1:852962‑M1/6‑1 (MQ=255)

        gttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAt                                                                                                                                     <  2:739509‑M1/10‑1 (MQ=255)

         ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    <  1:730094‑M1/11‑1 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttccgcttccttatagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaactggacaagctaaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                                <  1:654426‑M1/15‑1 (MQ=255)

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               tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTa                                                                                                                              <  2:65483‑M1/17‑1 (MQ=255)

                   aaaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGGGGGGAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                          <  1:1020630/140‑1 (MQ=255)

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                         agaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagaatagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgata                                                                                                                    <  1:413740‑M1/27‑1 (MQ=255)

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                                                                               gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAATATAAAGGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  2:625065‑M1/81‑1 (MQ=255)

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                                                                                        caggcagtgttttaagtaaatgttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                     >  1:872479‑M1/52‑141 (MQ=255)

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                                                                                            cagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                 >  2:542134‑M1/48‑141 (MQ=255)

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                                                                                                  tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           >  1:895808‑M1/42‑141 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACTAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  2:814192/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  1:160183/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  1:733875/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           >  2:960687/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  2:270416/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGCAACTTTGTTTTAAAAAGTTATTGACGCAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  1:915692/141‑1 (MQ=38)

                                                                                                      tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       <  1:606886/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                      agcaaaatgtggtaaaaaaagaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                       >  1:72758‑M1/38‑141 (MQ=255)

                                                                                                       tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAACGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      >  1:282379‑M1/37‑141 (MQ=255)

                                                                                                       tcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                      >  1:707952‑M1/37‑141 (MQ=255)

                                                                                                         gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTCAAAAGTTAGTGACTAAGAGGGGAATAAAATATATACTTAATTCCTGTCCGTCAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACCGTTAATTACacaca                                    >  1:38929/1‑137 (MQ=25)

                                                                                                         aaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACTATTTGTCAACGTTAATTCTaaaaa                                    <  2:154975‑M1/107‑1 (MQ=255)

                                                                                                         aaatattggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    >  2:924512‑M1/35‑141 (MQ=255)

                                                                                                         aaaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    <  2:1015615/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aaaTAACTTGAATTACTAAATGAAATTAATTGTAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAAATGTTGACGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCgaaaat                                   <  2:255706/141‑2 (MQ=37)

                                                                                                            aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                 <  1:775758/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                               >  1:244594/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  1:363882‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             <  2:285776‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            >  1:581288/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                           >  2:850876/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                        <  1:261730‑M1/119‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACTTAACTATaa                        <  2:357479‑M1/119‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTAAAAAAAAAAAAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAg                       <  2:582016/141‑1 (MQ=21)

                                                                                                                          tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATATGGACTAAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTTGGTAAGAAAAATGAAAATTTAAAACTGAATGACAATATGTCAATGTAAATTCCAAAAAACATAACTATAAGATAc                   >  2:782705/1‑141 (MQ=25)

                                                                                                                              atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               >  2:536183‑M1/14‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc               >  2:147070‑M1/14‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGGAGAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatt            <  1:799317/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  attaattTTAAAAAGCTATTGACTTAAATGTTAAGAAAATGTATAATTAATTCTTGCCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACAATATGTCAACGTTAACTCCAAAAATCGTCACTATAAGTTACAAACatta           <  1:763221/141‑1 (MQ=25)

                                                                                                                                  acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  1:328355‑M1/10‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                    aagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt         >  1:428348‑M1/8‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt        >  1:682410/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      gataaAAAAAGTTATTGACTTAGGCTATGATAAAAAGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATGGAAAACAGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa       <  2:687111‑M1/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                       ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg      >  1:809902/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                         ttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa    <  1:139376/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                         aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa    <  2:341079‑M1/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                           aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGATAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACCTTAATTAGAAtt  >  2:30506/1‑141 (MQ=25)

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512481‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.