New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 96 (1.140) | 52 (0.890) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
31/180 | NT | 44.0% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala |
GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 | gATTACAAGTCAGTTTCTCTACCAATTGAGCTAGGACGGTAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa‑aac < 2:182402/141‑2 (MQ=255) gATTACAAGTCAGTTGCTCTACCTATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGTATAAAGGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa‑aac < 1:907613/141‑2 (MQ=255) gATTACAAGTCAGTTGCGCTACCAATTGAGCTAGGTCGGCAATATGTAAGAATAAATTGTGGATAATGACGGGTTCGAACCGCCGGCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTa‑aaa < 1:2835/141‑1 (MQ=11) aaGTCAGTGGCTATACCAATTGAGCTAGGCCGGGAATATGTACGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCt < 2:62932/141‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGTCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGGTCGAACGGCCAACCCTCGGCTGGTAAGGAAGATGCTCTCCCAGCTGAGCGAATTCTCCGATATA‑AAACTGcccg > 2:401031/1‑139 (MQ=14) tGCTCTACCAATTGAGCTATGGCGACAATACGGAAGAATAAATTGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGt < 2:672476/141‑1 (MQ=17) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCt < 1:491628/141‑1 (MQ=255) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:995163/1‑141 (MQ=255) cctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCt < 1:121732/140‑1 (MQ=255) tcccAATCGAGCTAGGCCCGCAATAAGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTGCGAACCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:426455/139‑1 (MQ=17) gccAATTTAGCGAGGCCGGAAATATGTAAGAATAGATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCGGCTGGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTAct < 2:818986/140‑1 (MQ=17) ctaaTTGAGCTAGGACGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTActc < 1:440377/139‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCATGGCAACGTTCTActc > 1:780673/1‑141 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 1:457123/1‑141 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa > 1:53107/1‑141 (MQ=255) cTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 1:693687/1‑141 (MQ=255) tAGGCCGTCGAGATGTAAGGAGAAAGGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTGTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 2:207401/141‑1 (MQ=17) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:596779/141‑1 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa > 1:1007876/1‑141 (MQ=255) ggCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACACTCTACATATAAAGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCAGGCAACGGTCTACTCTAGCGAAACGTa > 1:30374/1‑141 (MQ=17) atGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 1:10152/1‑141 (MQ=255) tgtgAGAATAAATGGTGGGGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 2:538133/141‑1 (MQ=255) aaGTATATATGTCGGAGAAGGACGGGTTCGAACCGCCGATCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCAt < 2:963410/141‑1 (MQ=17) aGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc < 2:237291/141‑1 (MQ=255) aagagtggAGAATTACGGGTTCGAGCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt < 2:827637/137‑1 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCt > 1:571377/1‑141 (MQ=255) tggCGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGa < 2:187626/141‑1 (MQ=255) ggAGAAGGACGGGTTCTACCCGCCGACTCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTTTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAg < 2:644372/141‑1 (MQ=14) gggaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTTCTTGTAAGGCACATGCTCTCCCGGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:389168/139‑1 (MQ=255) gagaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCAGCCACAGGTGCCCCCGGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAg > 1:1019599/1‑141 (MQ=1) gaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGCCGCTAAGGAGCtt > 1:559480/1‑141 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGTCGGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt < 1:197416/141‑1 (MQ=255) aCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCCGATGCCGGCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt < 1:702411/141‑1 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt > 1:833113/1‑141 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt > 1:76343/1‑141 (MQ=255) gTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgt < 1:457760/141‑1 (MQ=255) ttggAACCGCCGACCGTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCGAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg < 2:805457/138‑1 (MQ=255) tCGATCCGCCGATCCTGTGCTTGTAAGGCAGATTCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 2:440764/141‑1 (MQ=255) tCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:564975/141‑1 (MQ=255) cgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTTGCGAGACTTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAGCTTCTGTGTTCGGCATgg < 1:654297/141‑1 (MQ=14) gACCCTTTTCTTGTAAGGCAGATGCTCTGCCAGCTTAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACGCTAGCTGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 2:775567/141‑1 (MQ=14) gACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:591182/141‑1 (MQ=255) ttctGCTTGTAAGGTAGATGTTGTCCCAGTTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGAAACGTTCTACTTTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACa < 2:624538/140‑1 (MQ=14) ttcTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt < 1:149116/139‑1 (MQ=255) tGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgt > 1:155458/1‑141 (MQ=255) gttGTAAGGGAGATGCTGTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTG‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt < 2:58849/140‑1 (MQ=255) cgtGTACGGTAGAGGCTCTCCGAGCTGAGCTCATTCTCCGATTTA‑AAAATGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTGCGACGACCAGCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt < 2:322977/139‑1 (MQ=14) cTTGTATGGCAGTAGCTTCGCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt < 2:495092/141‑1 (MQ=14) cTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACAATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGgtgt > 2:958157/1‑141 (MQ=255) tGTAAGGCAGATGCTCTCCCTGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGa < 2:88961/141‑1 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 1:532780/1‑141 (MQ=255) gacgCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:306529/138‑1 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCt < 1:78626/141‑1 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGCGTGACCTCCTTGCt > 1:94608/1‑141 (MQ=255) tGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGTCTTCGTTTTTCTTTAGCGTTACGTAAGTTTGACTACCATCGACGCTGAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 1:520753/141‑1 (MQ=14) tcgcccGGCTGAGCTAATTCTGCGATGTA‑AAACTGGCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTGAGGAGCTTAACGTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:198345/138‑1 (MQ=14) ccctccAGCTGAGCTAATCTTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGGTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAg < 2:803316/137‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTAAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTCCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTACGTTCGACTACCATCTACTCTAAGGAGCTCAACTCCTGTTTTCGGCATGAGACCCGCTGTTCCCTCCTTGCTATAgc > 2:664437/1‑140 (MQ=17) ccgCTGAGCTTATTCCGCGATTCA‑AAAATGCCTGGTGACGATCTTCTCGTGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACACTAAGGAGCTTAACTTTTGTGTTCCGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 2:1017682/139‑1 (MQ=11) cAGCTGAGCTAATTCTACGATTTA‑AAACGGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAcc < 2:149536/141‑1 (MQ=255) cgCTGAGCCTATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGGAACGTTTTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAAAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 2:78844/140‑1 (MQ=14) aGCTGCCCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTCCTGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTACCTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCActa < 2:1010863/141‑3 (MQ=14) aGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCa < 2:231822/141‑1 (MQ=255) gCTGAGCTAACTCGCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCGACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGGCGCCAAGGAGCTTATCTTCTTTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 2:422629/141‑1 (MQ=14) cttggCTAATTCGCCGATTTA‑AAACTGTCTGGCAACGTTCTTCTTTAGCTGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCGGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:849252/137‑1 (MQ=14) cTGTGCTAATTTTTCGATTTA‑AATATGTCTGGTAACGTTCTATTCTAGCGGAACTTAAGTTCGATTACCATCGATGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTTTTCGGCATGGGAATAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:30861/141‑1 (MQ=11) cTGAGATAAATCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:639302/141‑1 (MQ=255) tGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACAGCAAGGCAACGTCATAAGCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAc > 1:489961/1‑141 (MQ=14) tGAACTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATCGTCACCAGAc > 1:245962/1‑141 (MQ=255) gAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACa < 1:298452/141‑1 (MQ=255) gAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGCCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGAcc > 2:366110/1‑140 (MQ=255) aGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTGCGTCACCGTTCCATCGACCCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTCTGCCCTCCTCGCTATACTCAACAGACaa > 2:628813/1‑140 (MQ=14) aGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGCAGCTTAACGTCTATGTTCGGCATGGCAACAGTTGTGACCTCCTTCCTATAGTCCCCAGACat > 2:762849/1‑141 (MQ=17) aGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCCACCCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGACATGGGAACAAGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACat > 2:424802/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat > 1:173001/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACatat > 1:961518/1‑141 (MQ=255) cTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACACGTGTTACCTCCCTCCTATATTCACTAGACatat > 1:251148/1‑141 (MQ=14) tgaTTCTCCGATTTA‑ACACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:352881/139‑1 (MQ=255) taatgtgccGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGTTAATATGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg < 2:1003564/134‑1 (MQ=14) aaTTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACAATCGACGCTAGGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGAAACAAGTGTGACCGCCTAGCGATAGTCACAAGAAATCTGa > 2:149254/1‑141 (MQ=14) agtctcCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa < 1:382559/139‑1 (MQ=255) ctcAGATTTA‑AAACTGGTTGACAACTCTCTACTCTGGCTGAATGTAAGTTCGAGGACCATCGACGTTAAGGAGCTTAACTTGTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTTTGACCTTCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGt < 2:93032/141‑1 (MQ=11) ccGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTaa > 2:450942/1‑141 (MQ=39) ttA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat > 1:317588/1‑141 (MQ=35) ttA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat > 1:131273/1‑141 (MQ=35) ttA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTAAAGTCGTGGGGATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat > 1:798527/1‑141 (MQ=11) a‑aaaCTGCCTGGCAACGTTGTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc < 1:348176/141‑1 (MQ=18) a‑aaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc > 1:43870/1‑141 (MQ=33) | GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTA‑AAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |