| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 36 (0.940) | 10 (0.300) | 9/246 | 2.4 | 26.1% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 25 (0.740) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
AAGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/895645‑895924 | ggttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaat < 1:410707‑M1/1‑1 (MQ=255)ggttgtcttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaat > 1:119134‑M1/141‑141 (MQ=255) gCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAtt > 1:333680/1‑141 (MQ=255) cGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTc < 1:213130/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTAtt < 1:346673/141‑1 (MQ=255) tCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGTGTTAttttt > 2:11718/1‑141 (MQ=255) cAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATGAAGGAGATATTTTtg > 2:256070/1‑141 (MQ=255) tgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTtgtg < 1:34003‑M1/72‑1 (MQ=255) aGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTgg < 1:206644/141‑1 (MQ=255) gAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAAt < 1:4491/141‑1 (MQ=255) aaTCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGc > 2:206792/1‑141 (MQ=255) tAAAGAGATTCAAGACTTCATTAATGAAACATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATGATACCAATTCAATGTGACGGTCCGCCAATAACAACGAGTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa < 2:358741/141‑1 (MQ=255) acaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa > 1:294562‑M1/45‑141 (MQ=255) aaaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTTGTAGTGAAAATAAAAAAGGGCACaaa < 1:419943/141‑1 (MQ=255) aaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaaaa > 2:63210/1‑141 (MQ=255) aaGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAATCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGTGAACaaaa > 2:396145/1‑141 (MQ=255) cAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACAAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTTAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGTGCAGt > 2:58880/1‑141 (MQ=255) gcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTatat < 1:126493‑M1/111‑1 (MQ=255) cTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATg > 1:91578/1‑141 (MQ=255) ttCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGc < 1:295842/141‑1 (MQ=255) aaTGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAACAGGGCACAAAAGGGGCATTGTATGCagttta > 1:31859/1‑136 (MQ=255) cttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTAt < 1:3605‑M1/120‑1 (MQ=255) gAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAGTTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCg > 1:25692/1‑141 (MQ=255) gAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCg < 1:426073/141‑1 (MQ=255) aaaaaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTACTAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGTGCAGTATATGCAAATTATCGa > 2:422801/1‑141 (MQ=255) aaaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAGTACCCTTTAATAACAACGATTCAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGAACAAAATGTGCAGTATATGCAAATTATCGAAt > 2:134541/1‑141 (MQ=255) aaTGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTCTCGAATTTTata > 1:364753/1‑139 (MQ=255) aTGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAAc > 2:127264/1‑141 (MQ=255) ctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACACTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGACACAAAAGGTGAAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACa < 2:38080‑M1/133‑1 (MQ=255) gTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGGTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGTGCAGTATATGCAAATTATCAAATTTCAAGCAAAAAAAt > 2:988/1‑141 (MQ=255) aTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATACCAACGATTAAGGGGTTATTTTATTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAt < 2:359016‑M1/140‑1 (MQ=255) | AAGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/895645‑895924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |