| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 36 (0.940) | 10 (0.300) | 9/246 | 2.4 | 26.1% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 25 (0.740) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/909601‑909880 | ggTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAt < 1:410707‑M2/141‑2 (MQ=255)ggTTGTCTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAt > 1:119134‑M2/1‑140 (MQ=255) aaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATc > 1:332299/1‑141 (MQ=255) tAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaat > 2:226998‑M2/1‑112 (MQ=255) tAATGTTGAAACAAATGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaat > 2:281495‑M2/1‑112 (MQ=255) aaaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatac < 1:304562‑M2/141‑38 (MQ=255) gaaaGGTGAAGGGTATGAATAATATATTATTCGTG‑AAATTTTATAAATGTATATATAACAATGTATCGATGGCCCTCAAAACTCCTT‑TTGATTTGAACAAAATAGTCCCGCAGCATAAATCATATTAATGGCTCAGTCACg < 2:180830/140‑1 (MQ=255) cAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACg < 2:82184/141‑1 (MQ=255) aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacccttt > 1:47976‑M2/1‑99 (MQ=255) aGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGc < 1:7084/141‑1 (MQ=255) ggTATGAATAATAAATTA‑TCTTGATAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCTTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTg < 2:66234/141‑1 (MQ=255) ggTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTg < 2:91105/141‑1 (MQ=255) tGAATAATAAATTA‑TCTTGCAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCt < 1:245344/141‑1 (MQ=255) tGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCt < 1:338788/141‑1 (MQ=255) ataaATTA‑TGTTTAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTTCTGTTTTGCGTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTACTGCTTAATAGATGATATGAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaa < 2:290751/141‑1 (MQ=255) aaaTTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatt < 2:167930/141‑1 (MQ=255) ttA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCTTTGAACTTCATTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTAAGTAACGTTATTTTACTGGGATTtttaattaaa > 2:391786/1‑141 (MQ=255) tA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTaaa > 1:119529/1‑141 (MQ=255) a‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAAc > 2:365122/1‑141 (MQ=255) tGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtg < 1:34003‑M2/141‑73 (MQ=255) aaaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAtt > 1:49993/1‑141 (MQ=255) aaTTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTAttt < 1:42988/141‑1 (MQ=255) tGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGAGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATAttt > 2:20617/1‑141 (MQ=255) atataACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGGTAAATAAATCATATTAATGGTTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGaa < 2:358699/141‑1 (MQ=255) aCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaa > 1:294562‑M2/1‑44 (MQ=255) ttttGATTGCCCTTGAACTTCCTCGATAACCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCACTATCGTGCTGATACAAAGCATTTTAATCTAAACAGACATCTATAAGAGATTGCGGAATGCCATTCTAt > 2:131312/1‑141 (MQ=255) ttGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTa > 1:255527/1‑141 (MQ=255) tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTAc > 1:4359/1‑141 (MQ=255) gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatat < 1:126493‑M2/141‑112 (MQ=255) gCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGTCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGAAATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATa > 1:150279/1‑141 (MQ=255) ttGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGt > 2:337399/1‑141 (MQ=255) tGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTa < 1:34843/141‑1 (MQ=255) cTTCCTTGATAATCTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattat < 1:3605‑M2/141‑121 (MQ=255) ttCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGAATAAAGTAAAATc > 2:245429/1‑141 (MQ=255) ccTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATCACCGATAAAGTAAAATTCt > 2:213439/1‑141 (MQ=255) cTG‑GCTAAttattcctgctaaataataccaattaaataaaaatacactttaataacaacgattaaggggttatttttgtggtattgaaaataaaaaaggacacaaaaggtgaagtatatgcaaattatcgaattttaaaca < 2:38080‑M2/141‑134 (MQ=255) attattcctgctaaataataccaattaaataaaaataccctttaataccaacgattaaggggttattttattggtattgaaaataaaaaagggcacaaaaggggcagtatatgcaaattatcgaattttaaacaaaaaaat < 2:359016‑M2/141‑141 (MQ=255) | GGTTGTTTTCAAGGGCAAAAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTA‑TCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTG‑GCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCATGCGTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/909601‑909880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |